Structural characterisation of Prp45 and its interaction partners

Abstract

Prp45 je SNW protein, který je součástí spliceozomu, a tedy se účastní sestřihu pre-mRNA na mRNA. Ve spliceozomu se Prp45 přidává před sestřihovými reakcemi jako součást NTC komplexu. Prp45 má několik známých interakčních partnerů (například U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 a Cwc3). Tyto proteiny mají ve spliceozomu mnoho funkcí od jeho stabilizování po regulaci sestřihových reakcí. Spliceozom se skládá z několika desítek proteinů a několika RNA a při vykonávání své funkce prochází masivními strukturními proměnami. O struktuře spliceozomu bylo až do nedávna známo velice málo, nicméně nedávné studie nám poskytují pohled do interakční sítě toho komplexu. V této práce jsme se soustředili na identifikaci jak dříve navržených tak nových interakčních partnerů Prp45. S využitím dostupných spliceozomálních struktur jsme se pokusily tyto proteiny popsat strukturně a funkčně. Klíčová slova: sestřih, Prp45, 3D struktura, spliceozom, vazební partneři

Prp45 is a SNW protein that is part of a spliceosome and therefore participates in splicing of pre-mRNA into mRNA. In spliceosome Prp45 joins as part of NTC complex before splicing reactions. Prp45 has several known interactional partners (such as small subunit of U2AF, Cyp2, Prp5, Prp22, Clf1 and Cwc3). These proteins serve many functions in the spliceosome from stability to regulation of splicing reactions. Spliceosome consists of several dozens of proteins and several RNA and undergoes massive structural changes during executing its function. Until recently very little was known about the spliceosome structure; however, recent studies allow us to look at interaction network of this machine. In this work we focused on identification of both previously predicted and new interactional partners of Prp45. Using available spliceosome structures we aimed to describe these proteins structurally and functionally. Key words: splicing, Prp45, 3D struktura, spliceosome, binding partners