Databáze sekundárních struktur RNA

Abstract

V předložené práci studujeme primární a sekundární struktury RNA a stanovujeme vhodné modely pro jejich počítačové vyjádření. Dále stanovujeme kritéria pro výběr metod na porovnávání primárních a sekundárních struktur a na jejich základě jsme vybrali metodu tree alignmentu jakožto vhodný prostředek pro implementaci strukturálního vyhledávání s tím, že zmiňujeme některá speci fika problému strukturálního vyhledávání a navrhujeme některé možné modifi kace zrychlující vyhledávání. Součástí práce je webová aplikace "Databáze sekundárních struktur RNA", která implementuje strukturální a sekvenčně strukturální vyhledávání.

In the presented work we study RNA primary and secondary structures and we select suitable models for their computational representation. Next, we state criteria for primary and secondary structure comparison. Based on this criteria, we select tree alignment as a suitable method for implementation of structural search. We also mention some speci cs of structural search task and propose some possible modi cations that can speed-up the search. An important part of this work is web application "RNA Secondary Structure Database", which implements structural and sequence-structural search.