Vývoj nové metody analýzy nukleotidového fondu v bakteriálních buňkách

Abstract

(CZ) Předkládaná dizertační práce se zabývá stanovením nukleotidů v bakteriálních buňkách. Nukleotidy hrají klíčovou úlohu ve většině metabolických dějů, a proto informace o jejich zastoupení je důležitým vodítkem o vlivu interních i externích podmínek na látkovou přeměnu bakterií. Dosud publikované práce zabývající se analýzou nukleotidů a jiných intracelulárních metabolitů lze rozdělit na dvě skupiny podle používané techniky: a) práce s metabolomickým přístupem a b) práce s úzkou skupinou cílových analytů pro rutinní analýzu. V případě a) většinou autoři využívají nejmodernější techniky LC-MS/MS, v případě b) robustní UV detekci nejčastěji ve spojení s IP-LC. Cílem této práce bylo spojit oba přístupy a získat metodu pro rutinní analýzu, která by ale využívala benefitů hmotnostní detekce, jako je citlivost a selektivita, a zároveň by nevyžadovala náročné optimalizování MS/MS přechodů a odbornou obsluhu. Hlavní záměr nové HILIC-MS metody je její univerzální aplikovatelnost ve většině biologických a biochemických laboratoří.

(EN) This thesis deals with the determination of nucleotides in bacterial cells. Nucleotides play crucial role in most of the metabolic pathway. Determining their concentrations could give us important clues about the influence of internal and external conditions on the bacterial metabolism. Previously published papers dealing with the analysis of nucleotides and other intracellular metabolites can be divided into two groups according to the analytical approach: a) metabolomic approach and b) targeted approach dealing with narrow group of target analytes. In the case a) most authors use the state-of-the-art LC-MS/MS technique, whereas in the case b) robust UV detection coupled mainly to IP-LC is widely used. The aim of this study was to combine both approaches to obtain a method for routine analysis that would take advantages of mass detection, such as sensitivity and selectivity, while avoiding the need of demanding optimization of MS/MS transitions and expert service. The main purpose of the newly developed HILIC-MS method is its universal applicability in most biological and biochemical laboratories.