Comparison of Approaches for Querying of Chemical Compounds

Abstract

Účelem této práce je provést analýzu způsobů dotazování chemických databází a ověřit či vyvrátit jejich výsledky. V současné době neexistuje související výzkum, který by porovnal výkon využití paměti nad stejnými daty u nejvíce výkonných přístupů. V této práci provádíme nezávislé porovnání nejvíce používáných technik pro indexaci chemických databází se zaměřením na hledání podgrafů. Tyto výsledky pak dále porovnáváme s výkonem SQL a grafových databází. 1

The purpose of this thesis is to perform an analysis of approaches to querying chemical databases and to validate or invalidate its results. Currently, there exists no work which would compare the performance and memory usage of the best performing approaches on the same data set. In this thesis, we address this lack of information and we create an un-biased benchmark of the most popular index building methods for subgraph querying of chemical databases. Also, we compare the results of such benchmark with the performance results of an SQL and a graph database. 1