Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry

Abstract

1 ABSTRACT Healthcare-associated infections represent a significant cause of morbidity and mortality in hospital settings. The risk of nosocomial infection differs significantly in different group of patients, depending on the character of their primary illness, the co-morbidities, the type of care provided, the length of hospitalization, or the medical procedures used. Artificial surfaces such as central venous catheters, shunts, urinary catheters, valve and joint replacements or controlled lung ventilation play a major role. The majority of nosocomial infections is caused by several representative of Enterobacteriaceæ family, Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., or some Gram-positives, especially Staphylococcus and Enterococcus spp. This is largely due to their ability to retain and transfer different types of resistance to antibiotics. The identification and subtyping of these pathogenic microorganisms is an essential tool of modern public health infectious disease surveillance not only for appropriate and efficient treatment of infections, but also in case of an outbreak. Understanding clonal continuity among investigated strains is essential to determine the source and routes of infections, confirm or rule out outbreaks, trace cross-transmission of healthcare-associated pathogens, or recognize virulent...

1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...