Show simple item record

Párování biologicky relevantních iontů ve vodných roztocích
dc.contributor.advisorJungwirth, Pavel
dc.creatorBaxová, Katarína
dc.date.accessioned2018-10-10T15:49:33Z
dc.date.available2018-10-10T15:49:33Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/102397
dc.description.abstractNot accounting for the electronic polarizability due to divalent ions such as Ca2+ introduces a significant artifacts to force field-based molecular dynamic simulations of biological systems. Two newly developed parameter refinements were used to compute the free energy profile of the Ca2+ -Cl- ion dissociation in aqueous solutions, to be compared with a free energy profile obtained from ab-intio molecular dynamics and to data from neutron scattering. Next, the computational evidence for the existence of a local free energy min- imum representing a guanidinium-guanidinium contact ion pair in aqueous solu- tions is provided suggesting a global preference for a contact ion pair. Finally, the passive membrane penetration mechanism of oligoarginines was investigated on a cell membrane model systems - lipid vesicles - by fluorescent spectroscopy. In this study, a mechanistic link between membrane penetration and vesicle aggregation and fusion was found. 1en_US
dc.description.abstractVýznamné artefakty vnáša do molekulovo-dynamických simulácií biologických systémov nezah'rňanie elektónovej polarizability divalentných iontov, ako napríklad Ca2+ , do silových polí. Dve novo-vyvinuté úpravy parametrov silových polí boli použité na výpočet profilov voľnej energie iontovej disociácie Ca2+ -Cl- vo vodnom prostredí na porovnanie s profilmi voľnej energie získanými pomocou ab-initio molekulovej dynamiky a z experimentálnych dát neutrónového rozptylu. Ďalej bol nasimulovaný dôkaz existencie lokálneho minima voľnej energie kon- taktného iontového páru dvojice guanidínium-guanidínium vo vodnom prostredí. Výsledné profily naznačujú celkovú preferenciu kontaktného iontového páru. Nakniec sme skúmali pasívny mechanizmus prechodu oligoarginínov cez mode- lové sytémy bunkovej membrány - lipidové vačky - metódami fluorescenčnej spek- troskopie. V rámci tohto projektu sme objavili prepojenie medzi membránovým prechodom a agregáciou a zlučovaním lipidových vačkov. 1cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectionsen_US
dc.subjectwateren_US
dc.subjectmolecular dynamicsen_US
dc.subjectiontycs_CZ
dc.subjectvodacs_CZ
dc.subjectmolekulová dynamikacs_CZ
dc.titlePairing of biologically relevant ions in aqueous solutionsen_US
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-09-18
dc.description.departmentKatedra chemické fyziky a optikycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Chemical Physics and Opticsen_US
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId175869
dc.title.translatedPárování biologicky relevantních iontů ve vodných roztocíchcs_CZ
dc.contributor.refereePředota, Milan
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and Chemical Physicsen_US
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra chemické fyziky a optikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Chemical Physics and Opticsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and Chemical Physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csVýznamné artefakty vnáša do molekulovo-dynamických simulácií biologických systémov nezah'rňanie elektónovej polarizability divalentných iontov, ako napríklad Ca2+ , do silových polí. Dve novo-vyvinuté úpravy parametrov silových polí boli použité na výpočet profilov voľnej energie iontovej disociácie Ca2+ -Cl- vo vodnom prostredí na porovnanie s profilmi voľnej energie získanými pomocou ab-initio molekulovej dynamiky a z experimentálnych dát neutrónového rozptylu. Ďalej bol nasimulovaný dôkaz existencie lokálneho minima voľnej energie kon- taktného iontového páru dvojice guanidínium-guanidínium vo vodnom prostredí. Výsledné profily naznačujú celkovú preferenciu kontaktného iontového páru. Nakniec sme skúmali pasívny mechanizmus prechodu oligoarginínov cez mode- lové sytémy bunkovej membrány - lipidové vačky - metódami fluorescenčnej spek- troskopie. V rámci tohto projektu sme objavili prepojenie medzi membránovým prechodom a agregáciou a zlučovaním lipidových vačkov. 1cs_CZ
uk.abstract.enNot accounting for the electronic polarizability due to divalent ions such as Ca2+ introduces a significant artifacts to force field-based molecular dynamic simulations of biological systems. Two newly developed parameter refinements were used to compute the free energy profile of the Ca2+ -Cl- ion dissociation in aqueous solutions, to be compared with a free energy profile obtained from ab-intio molecular dynamics and to data from neutron scattering. Next, the computational evidence for the existence of a local free energy min- imum representing a guanidinium-guanidinium contact ion pair in aqueous solu- tions is provided suggesting a global preference for a contact ion pair. Finally, the passive membrane penetration mechanism of oligoarginines was investigated on a cell membrane model systems - lipid vesicles - by fluorescent spectroscopy. In this study, a mechanistic link between membrane penetration and vesicle aggregation and fusion was found. 1en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra chemické fyziky a optikycs_CZ
thesis.grade.code1


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV