Extenzivně rezistentní Acinetobacter baumannii v České republice: populačně genetická struktura a mechanizmy rezistence ke karbapenemům a aminoglykosidům

Abstract

Práce řeší otázku epidemiologie antibiotické rezistence u Acinetobacter baumannii, dnes jednoho z nejproblematičtějších bakteriálních původců infekcí člověka ve smyslu selhávání antimikrobní terapie. Jejím cílem bylo definovat populačně-genetické vlastnosti, epidemiologii a povahu rezistence u vzorku aktuální populace A. baumannii z České republiky. Studováno bylo 55 multirezistentních izolátů zachycených v osmi zdravotnických zařízeních ve Středočeském kraji a Praze od října 2016 do května 2018. U těchto izolátů byla provedena identifikace na druhové, klonální a kmenové úrovni, určen fenotyp a genotyp rezistence a provedena klasifikace do pěti skupin izolátů s pravděpodobnou epidemiologickou vazbou. Studované izoláty téměř výlučně patřily do globálního klonu ECII; z nich pak 53 % tvořilo geneticky poměrně homogenní skupinu charakterizovanou extenzivní rezistencí k antibiotikům (citlivost pouze ke kolistinu), přítomností genů pro ArmA a OXA-23 (rezistence ke všem aminoglykosidům a karbapenemům) a výskytem na všech lokalitách. Podrobná epidemiologická analýza izolátů z Příbrami a okolí prokázala epidemické šíření dvou kmenů, z nichž jeden patřil k extenzivně rezistentní skupině. Oba tyto kmeny byly izolovány od pacientů hospitalizovaných na chirurgickém oddělení, a to i po jejich propuštění do...

This study focuses on the question of the epidemiology of resistance to antibiotics in Acinetobacter baumannii, which is nowadays one of the most problematic bacterial patho- gens associated with failing antimicrobial therapy. Its aim was to define population-genetic properties, epidemiology and the nature of multidrug resistance for a sample of the current population of A. baumannii from Czechia. A total of 55 isolates were collected in eight medi- cal facilities in central Bohemia from October 2016 to May 2018. The isolates were assessed for their identity at the species, clonal and strain levels as well as resistance phenotype and genotype; they were classified into five clonal groups, each of which encompassed isolates that were likely to be epidemiologically related. The 55 isolates studied belonged, nearly exclusively, to global clone ECII, with 53 % of them forming a genetically relatively homoge- neous group characterized by extensive resistance to antibiotics (susceptible only to col- istin), the presence of genes encoding ArmA a OXA-23 (resistance to all aminoglycosides and carbapenems) and spread in all locations. The in-depth epidemiological analysis of isolates from the city of Příbram and its vicinity indicated the regional spread of two strains, one of which belonged to the...