Ověření druhových hranic mezi klinicky významnými geofilními druhy Arthroderma

Abstract

Rod Arthroderma zahrnuje převážně geofilní druhy dermatofytů (přirozeně se vyskytující v půdě). Některé druhy, zejména zástupci někdejšího Trichophyton terrestre komplexu, příležitostně způsobují dermatomykózy u lidí a zvířat. Mezidruhové hranice v tomto komplexu byly v minulosti určovány převážně na základě biologického konceptu druhu, tedy za pomocí in vitro křížících experimentů. Platnost těchto téměř 70 let starých závěrů ale dosud nebyla testována za pomoci moderních taxonomických metod. V této práci bylo zahrnuto celkem 194 izolátů rodu Arthroderma (včetně všech dostupných ex-typových kmenů) pocházejících převážně z USA, Kanady a Evropy, které byly izolovány nejčastěji z půdy (n = 77), zvířat (n = 50), lidského klinického materiálu (n = 41) a jeskynního sedimentu (n = 9). Primárním cílem této práce bylo objasnění hranic mezi druhy A. insingulare, A. lenticulare a A. quadrifidum, které se řadily do T. terrestre komplexu kvůli zdánlivě identickému nepohlavnímu stádiu. Dále měla práce ozřejmit vzájemné vztahy mezi druhy Arthroderma pomocí vícegenové fylogeneze a zjistit, které druhy jsou medicínsky významné. Vícegenová fylogeneze rodu Arthroderma byla založená na sekvencích oblasti ITS rDNA a genech pro β-tubulin (TUB2) a translační elongační faktor 1α (TEF1α). Rod Arthroderma byl dle fylogeneze...

The genus Arthroderma contains predominantly geophilic dermatophytes (naturally occuring in soil). Some species, especially those from Trichophyton terrestre complex, cause human and animal dermatomycosis. In the past, the species boundaries were determined mainly on the basis of biological species concept using in vitro mating experiments. But these nearly 70-years-old findings have not been tested by means of modern taxonomic methods. In total 194 species of the genus Arthroderma (including all available ex-type strains) originating predominantly in USA, Canada and Europe were studied in this thesis. They were mostly isolated from soil (n = 77), animals (n = 50), human clinical material (n = 41) and cave sediment (n = 9). The main goal of the thesis was to elucidate the species boundaries between species A. insingulare, A. lenticulare and A. quadrifidum, that were classified into the T. terrestre complex because of their seemingly identical asexual stage. Further, this work aimed to resolve the relationship between Arthroderma species using the multigene phylogeny and clarify which species are clinically relevant. A multigene phylogeny of the genus Arthroderma was based on the sequences of the ITS rDNA region, β-tubulin (TUB2) and translation elongation factor 1α (TEF1α) genes. The genus...