Show simple item record

Regulace exprese genů HLA II. třídy
dc.contributor.advisorČerná, Marie
dc.creatorZajacová, Marta
dc.date.accessioned2021-09-06T16:31:20Z
dc.date.available2021-09-06T16:31:20Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/99905
dc.description.abstractHLA class II genes are known to be highly polymorphic, even in the regulatory non-coding gene regions. Polymorphism in the promoter region potentially forms a strong basis for an uneven allele-specific expression. Even though it is known that the amount of HLA class II molecules on the cell surface has a significant role in shaping immune response, HLA class II expression polymorphism has not yet been thoroughly measured. The thesis aims to shed light into allele-specific mRNA expression and promoter DNA methylation of HLA class II genes. Two studies, each addressing different aspects of the HLA class II allele expression regulation, were conducted. Study A examines the DNA methylation of 10 DQA1 promoter and its effect on the DQA1 mRNA expression. DNA methylation in whole blood cells was determined with bisulfite sequencing and mRNA expression was measured using RT-qPCR. Even though inter-allelic differences in overall methylation were observed (the most methylated alleles were DQA1*02:01 and *04:01), the expected negative correlation between the DQA1 promoter DNA methylation density and the allele expression was not observed. We suggest that the genetic polymorphism in the region (especially region upstream of position -400, which is almost completely methylated in all alleles) may lead to different...en_US
dc.description.abstractGeny HLA II. třídy jsou vysoce polymorfní, a to také v regulačních nekódujících genových oblastech. Polymorfismus v promotorové oblasti vytváří silný potenciál pro rozdílnou expresi jednotlivých alel. I když je známo, že množství molekul HLA II. třídy na povrchu buněk má významnou úlohu při utváření imunitní odpovědi, polymorfismus v expresi genů HLA třídy II dosud nebyl podrobně analyzován. Cílem této práce bylo zkoumat expresi mRNA a metylaci promotorové DNA u alel genů HLA II. třídy. Byly provedeny dvě studie, které se zabývaly různými aspekty regulace. V části A byla zkoumána metylace DNA u 10 alel promotoru DQA1 a její vliv na expresi mRNA tohoto genu. DNA metylace v plné krvi byla stanovena pomocí bisulfitového sekvenování a exprese mRNA byla měřena za použití RT-qPCR. I když byly pozorovány mezialelické rozdíly v celkové metylaci (nejvíce metylované alely byly DQA1*02:01 a *04:01), nebyla pozorována očekávaná negativní korelace mezi methylační hustotou DNA promotoru DQA1 a expresí alely. Mezialelické rozdíly v metylaci jednotlivých CpG pozic prokázány nebyly, ale domníváme se, že genetický polymorfismus v oblasti (zejména oblast upstream od pozice -400, která je téměř kompletně metylovaná ve všech alelách) může vést k různým interpretacím 5meCpG na stejné pozici v různých alelických kontextech. V...cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, 3. lékařská fakultacs_CZ
dc.titleRegulation of HLA class II genes expressionen_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-06-26
dc.description.departmentDepartment of Medical Genetics 3FM CUen_US
dc.description.departmentÚstav lékařské genetiky 3. LF UKcs_CZ
dc.description.faculty3. lékařská fakultacs_CZ
dc.description.facultyThird Faculty of Medicineen_US
dc.identifier.repId95354
dc.title.translatedRegulace exprese genů HLA II. třídycs_CZ
dc.contributor.refereeČerný, Jan
dc.contributor.refereeSlavčev, Antonij
dc.identifier.aleph002193186
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.programMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.degree.programMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-cs3. lékařská fakulta::Ústav lékařské genetiky 3. LF UKcs_CZ
uk.taxonomy.organization-enThird Faculty of Medicine::Department of Medical Genetics 3FM CUen_US
uk.faculty-name.cs3. lékařská fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enThird Faculty of Medicineen_US
uk.faculty-abbr.cs3.LFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csMolekulární a buněčná biologie, genetika a virologiecs_CZ
uk.degree-program.enMolecular and Cell Biology, Genetics and Virologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csGeny HLA II. třídy jsou vysoce polymorfní, a to také v regulačních nekódujících genových oblastech. Polymorfismus v promotorové oblasti vytváří silný potenciál pro rozdílnou expresi jednotlivých alel. I když je známo, že množství molekul HLA II. třídy na povrchu buněk má významnou úlohu při utváření imunitní odpovědi, polymorfismus v expresi genů HLA třídy II dosud nebyl podrobně analyzován. Cílem této práce bylo zkoumat expresi mRNA a metylaci promotorové DNA u alel genů HLA II. třídy. Byly provedeny dvě studie, které se zabývaly různými aspekty regulace. V části A byla zkoumána metylace DNA u 10 alel promotoru DQA1 a její vliv na expresi mRNA tohoto genu. DNA metylace v plné krvi byla stanovena pomocí bisulfitového sekvenování a exprese mRNA byla měřena za použití RT-qPCR. I když byly pozorovány mezialelické rozdíly v celkové metylaci (nejvíce metylované alely byly DQA1*02:01 a *04:01), nebyla pozorována očekávaná negativní korelace mezi methylační hustotou DNA promotoru DQA1 a expresí alely. Mezialelické rozdíly v metylaci jednotlivých CpG pozic prokázány nebyly, ale domníváme se, že genetický polymorfismus v oblasti (zejména oblast upstream od pozice -400, která je téměř kompletně metylovaná ve všech alelách) může vést k různým interpretacím 5meCpG na stejné pozici v různých alelických kontextech. V...cs_CZ
uk.abstract.enHLA class II genes are known to be highly polymorphic, even in the regulatory non-coding gene regions. Polymorphism in the promoter region potentially forms a strong basis for an uneven allele-specific expression. Even though it is known that the amount of HLA class II molecules on the cell surface has a significant role in shaping immune response, HLA class II expression polymorphism has not yet been thoroughly measured. The thesis aims to shed light into allele-specific mRNA expression and promoter DNA methylation of HLA class II genes. Two studies, each addressing different aspects of the HLA class II allele expression regulation, were conducted. Study A examines the DNA methylation of 10 DQA1 promoter and its effect on the DQA1 mRNA expression. DNA methylation in whole blood cells was determined with bisulfite sequencing and mRNA expression was measured using RT-qPCR. Even though inter-allelic differences in overall methylation were observed (the most methylated alleles were DQA1*02:01 and *04:01), the expected negative correlation between the DQA1 promoter DNA methylation density and the allele expression was not observed. We suggest that the genetic polymorphism in the region (especially region upstream of position -400, which is almost completely methylated in all alleles) may lead to different...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, 3. lékařská fakulta, Ústav lékařské genetiky 3. LF UKcs_CZ
thesis.grade.codeP
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO
dc.identifier.lisID990021931860106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV