Analysis of oxidative and free radical induced DNA damage

Abstract

Analýza oxidativního poškození DNA volnými radikály Diplomová práce Nela Váňová Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Volné radikály a reaktivní formy kyslíku (ROS) jsou vysoce reaktivní molekuly schopné modifikovat biomolekuly včetně DNA. 5',8-cyklo-2'-deoxynukleosidy představují skupinu DNA lézí vyznačující se současným poškozením sacharidové složky a nukleové báze stejného purinového nukleosidu a společněs 8-oxo-2'-deoxypuriny patří do hlavní skupiny lézí vznikajících atakem volných radikálů (včetně hydroxylového radikálu). Kvantifikace oxidativně a volnými radikály způsobených DNA lézí jako biomarkerů oxidačního stresu hraje významnou roli ve studiu jejich vlivu na lidské zdraví a nemoci. Pro kvantifikaci těchto DNA lézí ve vzorcích ozařovaných gamma paprsky bude použito spojení tandemové spojení hmotnostní spektrometrie a vysoce účinné kapalinové chromatografie (LC/MS/MS). Před nástřikem do LC/MS/MS, ozářené vzorky podrobené enzymatickému štěpení za účelem získání volných nukleosidů musí být odsoleny a DNA léze musí být separovány od nepoškozených nukleosidů. Pro separaci (5'R)-5',8-cyklo-2'-deoxyadenosinu; (5'R)-5',8-cyklo-2'-deoxyguanosinu; (5'S)- 5',8-cyklo-2'-deoxyadenosinu; (5'S)-5',8-cyklo-2'-deoxyguanosinu;...

Analysis of oxidative and free radical induced DNA damage Diploma thesis Nela Váňová Charles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Free radicals and reactive oxygen species (ROS) are highly reactive molecules capable of modifications of biomolecules, including DNA. 5',8-cyclopurine-2'deoxynucleosides represent a group of DNA lesions characterized by concomitant damage to both sugar and base moieties of the same purine nucleoside that are together with 8-oxo-2'-deoxypurines among the major lesions formed by attack of free radicals (e.g. hydroxyl radical). Quantification of oxidative and free radical induced DNA lesions as biomarkers of oxidative stress has a high importance in study of their role in human health and disease. For quantification of these DNA lesions in gamma irradiated samples, high performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC/MS/MS) will be utilized. Before injection into the LC/MS/MS, irradiated samples, treated by enzymatic digestion in order to gain free nucleosides, have to be desalted and DNA lesions have to be separated from undamaged nucleosides. A new HPLC/UV method was developed for separation of (5'R)-5',8-cyclo-2'- deoxyadenosine;...