Identifikace membránově lokalizovaných nativních peptidů intracelulární bakterie Francisella tularensis

Abstract

Bc. Hana Hrebíková Identifikace membránově lokalizovaných peptidů nativních proteinů bakterie Francisella tularensis Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Odborný pracovník v laboratorních metodách Cíl práce: Cílem diplomové práce bylo vyvinout novou metodu vhodnou pro stanovení koncentrace peptidů v biologickém vzorku a identifikace membránově asociovaných proteinů bakterie Francisella tularensis (F. tularensis). Metody: Odzkoušení metod bylo nejprve provedeno na standardních proteinech alfa kasein a BSA. Proteiny o známé koncentraci byly štěpeny trypsinem a koncentrace získaných peptidů byla měřena modifikovanou a nemodifikovanou metodou mikro BCA (bicinchoninic acid protein assay). Metoda pak byla aplikována na reálný bakteriální vzorek F. tularensis kmen FSC200. Bakteriální peptidy byly získány kultivací celých bakterií v různých časových intervalech v roztoku, který obsahoval trypsin. Tato metoda je v literatuře popisována jako "shaving". Výsledky: Pomocí nemodifikované mikro BCA byla stanovena koncentrace peptidů. Peptidy pak byly separovány HPLC a identifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Správnost celého postupu dokazuje identifikace dvou bakteriálních peptidů z proteinu s názvem 17 kDa major membrane protein (ZP_0227498). Závěry: Další...

Bc. Hana Hrebíková Identification of membrane localized native peptides of intracellular bacteria Francisella tularensis Diploma thesis Charles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Specialist in Laboratory Methods Background: The main goal of this diploma thesis was develop new methods suitable for assume of concentration of peptides in biological sample and identification of membrane- associated proteins of bacteria Francisella tularensis (F. tularensis). Methods: Experimental development was tested on standard proteins like alfa kasein and BSA. These proteins had known concentration and they were treated by trypsine. The concentration of reached peptides were measured by modified and classic method of micro BCA (bicinchoninic acid protein assay). Method was applied on real bacterial sample of F. tularensis species strain FSC200. By cultivation of whole bacteria bacterial peptides were prepared. The cultivation was provided in different time intervals in solution, which contained trypsine. This method named shaving was described in literature. Results: The concentration of peptides was measured by classic micro BCA method. Peptides were separated by HPLC and identified by mass spectrometry. Identification of two bacterial peptides from protein named 17 kDa major membrane...