Analýza syntetických oligonukleotidů separačními metodami

Abstract

Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Candidate: Bc. Eliška Voříšková Supervisor: RNDr. Ondřej Horáček, Ph.D. Consultant: PharmDr. Michaela Beranová, Ph.D. Title of bachelor thesis: Analysis of synthetic oligonucleotides by separation methods Synthetically produced oligonucleotides are used in biotechnology, diagnostics, and therapeutics, as well as in recent research on the development of nanomachines and in computer science. Thanks to the wide range of possible modifications, they hold significant potential for the future, particularly in the field of medicine for the treatment of a broad spectrum of diseases, mainly due to their ability to regulate gene expression. However, their synthesis produces several by-products and impurities that reduce the final quality. Over the decades, many techniques have therefore been developed for quality control of synthetic oligonucleotide products. Examples include denaturing polyacrylamide gel electrophoresis and capillary gel electrophoresis, high-performance liquid chromatography, and direct mass spectrometry. This work focused on optimizing the conditions for denaturing polyacrylamide gel electrophoresis for the analysis of synthetic oligonucleotides, with subsequent...

Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Bc. Eliška Voříšková Školitel: RNDr. Ondřej Horáček, Ph.D. Konzultant: PharmDr. Michaela Beranová, Ph.D. Název diplomové práce: Analýza syntetických oligonukleotidů separačními metodami Synteticky připravené oligonukleotidy nacházejí své uplatnění v biotechnologiích, diagnostice, terapiích a v nedávných výzkumech i při vývoji nanostrojů či v informatice. Díky velkému množství možných modifikací představují významný potenciál do budoucna především na poli medicíny pro léčbu širokého spektra onemocnění, zejména kvůli schopnostem regulovat genovou expresi. Při jejich syntéze však vzniká řada vedlejších produktů a nečistot, které snižují výslednou kvalitu. V průběhu desetiletí se proto vyvinulo mnoho technik, které se využívají ke kontrole kvality konečných produktů syntetických oligonukleotidů. Příkladem mohou být denaturační polyakrylamidová gelová elektroforéza a kapilární gelová elektroforéza, vysokoúčinná kapalinová chromatografie i přímá hmotnostní spektrometrie. Práce byla zaměřena na optimalizaci podmínek denaturační polyakrylamidové gelové elektroforézy pro analýzu syntetických oligonukleotidů s následnou aplikací pro kontrolu kvality. Součástí experimentální části byla také...