Overenie funkčnosti a účinnosti primerov pre stanovenie expresie génov zapojených do bunkového cyklu

Abstract

Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Lenka Zajacová Supervisor: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. Title of Bachelor Thesis: Function and efficiency of primers for analysis of genes involved in cell cycle The bachelor's thesis is focused on the experimental verification of the function and efficiency of primer sets designed for the analysis of gene expression regulating the cell cycle using the RT-qPCR method. The theoretical part of the thesis provides a systematic overview of the phases of the cell cycle and its complex regulation through cyclins, cyclin-dependent kinases, and checkpoints. Attention is also devoted to various types of DNA damage, the mechanisms of their formation, and subsequent repair pathways. The theoretical part is complemented by a chapter dealing with the principles and methodological aspects of PCR technologies. The aim of the experimental part was to verify the function and efficiency of specific primer sets for genes that play key roles in the DNA damage response and cell cycle regulation (ATM, ATR, CHK1, CHK2, CDC25A, CDC25C). The function of the designed primers was verified through the analysis of amplification and melting curves, which confirmed amplification specificity and the absence of undesirable...

Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Lenka Zajacová Školitel: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. Názov bakalárskej práce: Overenie funkčnosti a účinnosti primerov pre stanovenie expresie génov zapojených do bunkového cyklu Bakalárska práca je zameraná na experimentálne overenie funkčnosti a účinnosti sád primerov navrhnutých pre analýzu expresie génov regulujúcich bunkový cyklus pomocou metódy RT- qPCR. Teoretická časť práce poskytuje systematický prehľad o fázach bunkového cyklu a jeho komplexnej regulácii prostredníctvom cyklínov, cyklín-dependentných kináz a kontrolných bodov. Pozornosť je venovaná aj rôznym typom poškodenia DNA, spôsobom ich vzniku a následným opravným mechanizmom. Teoretický rámec dopĺňa kapitola o princípoch a metodických aspektoch PCR technológií. Cieľom experimentálnej časti bolo overiť funkčnosť a účinnosť špecifických sád primerov pre gény kľúčové v odozve na poškodenie DNA a regulácií cyklu (ATM, ATR, CHK1, CHK2, CDC25A, CDC25C). Funkčnosť navrhnutých primerov bola verifikovaná analýzou amplifikačných kriviek a kriviek tavenia, ktoré potvrdili špecificitu amplifikácie a absenciu nežiaducich vedľajších produktov, ktoré by významne ovplyvnili analýzu. Účinnosť bola stanovená matematicky na základe smerníc kalibračných...