Detekce a stanovení rozsahu nebalancovaných chromozomových aberací metodou aCGH u pacientů s mentální retardací a vrozenými vývojovými vadami

Abstract

Práce se zabývá detekcí a vyhodnocením variant v počtu kopií (CNV) u pacientů s mentální retardací (MR) a/nebo vrozenými vývojovými vadami (VVV) ve dvou skupinách. První skupina zahrnovala celkem 214 pacientů, u kterých nebyla dosud nalezena žádná cytogenetická aberace či jiná příčina jejich postižení. Druhou skupinou byl soubor pacientů s již dříve detekovanou aberací, kterou bylo třeba dále upřesnit či doplnit, nebo bylo třeba vyloučit další souběžný nález k těmto již známým aberacím. Tato skupina zahrnovala 26 pacientů. Analýza byla provedená metodou array CGH (aCGH) a pokud to bylo možné, byly nálezy ověřeny nezávislou metodou jako například FISH nebo MLPA a byli vyšetřeni též rodiče ke zjištění dědičnosti. V první skupině jsme nalezli celkem 696 CNV, což představuje průměrně 3,25 varianty na jedince. U 10,75 % pacientů jsme detekovali jasně patogenní CNV a ozřejmili příčinu jejich postižení. U 2,34 % pacientů jsme nalezli pravděpodobně patogenní CNV a u 1,87 % pacientů jsme nalezli variantu nejasného klinického významu (VUS). Nálezy pravděpodobně patogenních CNV a VUS často představovaly velmi málo popsané aberace zasahující geny, o nichž jsou v literatuře jen omezené informace. Záchyt a popis takových variant může rozšířit znalosti o zasažených genech a jejich roli v utváření patologií u...

The work is focused on the detection and evaluation of copy number variants (CNV) in patients with mental retardation (MR) and/or congenital developmental defects in two groups. The first group contained a total of 214 patients in whom neither a cytogenetic aberration nor other cause of their disease had been determined. The second group consisted of patients with previously found aberrations requiring further specification or refinement, or in whom other parallel findings had to be excluded. This group consisted of 26 patients. The analysis was performed using array CGH (aCGH) and, if possible, the findings were verified using an independent method such as FISH or MLPA. The parents were also examined to ascertain the inheritance. In the first group we found a total of 696 CNVs, representing an average of 3.25 variants per individual. In 10.75% of patients we detected a clearly pathogenic CNV which explained the cause of their disease. In 2.34% of patients we found a probably pathogenic CNV, and in 1.87% of patients we found a variant of unknown clinical significance (VUS). These probably pathogenic CNVs and VUSs often represented aberrations which were very sporadically described and which affected genes with limited information in the literature. The detection and reporting of these variants can...