Innovations in LC-MS bottom-up protein analysis: from column design to mobile phase composition

Abstract

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Mgr. Siddharth Jadeja Školitelé: doc. PharmDr. Hana Sklenářová, Ph.D. doc. PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název: Inovace v LC-MS bottom-up analýze proteinů: od návrhu kolon až po složení mobilní fáze Kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií, které umožňují vysoce výkonnou a citlivou analýzu různě komplexních proteinových vzorků, se staly pilíři tzv. bottom-up proteomiky a mapování peptidů bioléčiv. Pro rozvoj analýzy proteinů byly klíčové pokroky ve vývoji hmotnostní spektrometrie, kdežto podobný a významný přínos chromatografie až na výjimky zůstal bez povšimnutí. Disertační práce se zaměřuje na tuto nerovnováhu s důrazem na inovativní strategie separace peptidů pro zlepšení kvality dat, a to se stávajícím LC-MS přístrojovým vybavením. Práce začíná shrnujícím tutoriálem o separaci peptidů na reverzních fázích, který poukazuje na kritické mezerya nekompetentnostimezi laboratořemiv prováděníLCpeptidů.Na základě těchto zjištění byly sledovány tři linie experimentů: Optimalizace mobilní fáze: Snížení koncentrace kyseliny mravenčí ze standardních 0,1 % na 0,01 % v mobilní fázi zlepšuje intenzitu MS signálu až o 90 %. Separační kolony naplněné stacionární fází C18 s kladně nabitým povrchem jsou...