Využití masivně paralelních sekvenačních technologií pro objasňování příčin časných dědičných nesyndromových poruch sluchu u českých pacientů

Abstract

Deafness is the most frequent sensorial disease and its prevalence in dependance of its type ranges from 1:300 to 1:1000 newborns More than 50% of congenital hearing loss is assumed to have genetic origine and it is known to be extremely heterogenic disease. In this work, we have been focusing on the most frequent type of congenital hearing loss - non- syndromic autosomal recessive hearing loss (NSHL-AR). Several methods of molecular genetics were used in order to examine the pacients with early hearing loss with already excluded mutations of GJB2 gene. In the first part of the study, 8 small genes in approximately 50 patients with at least one simmilarly affected sibling were tested (CABP2 - 51 patients, CIB2 - 45 patients, PJVK/DFNB59 - 53 patients, GJB3 - 46 patients, ILDR1 - 48 patients, LHFPL5 - 66 patients, LRTOMT - 60 patients, TMIE - 64 patients). The causal mutations were found only in 2 patients in 2 genes (LHFPL5 gene - 1 patient, CABP2 gene - 1 patient). Mutations in those genes are not a frequent cause of hearing loss in Czech population. In the second part of the study, 22 patients with at least one simmilarly affected sibling were tested using panel based MPS (46 genes associated with NSHL-AR). In bioinformatics pipelines, CNV analysis was included. The cause of hearing loss was found in 8...

Hluchota je nejčastější smyslovou vadou a její prevalence je v závislosti od jejího typu popisována mezi 1:300 -1:1000 novorozenců. U 1:1000 se zase těžký typ hluchoty vyvine před dosáhnutím dospělosti. Předpokládá se, že víc než 50% vrozené hluchoty má genetickou příčinu a ví se, že jde o onemocnění extrémně heterogenní. V této disertaci jsme se věnovali nejčastějšímu typu vrozené hluchoty - nesyndromové autosomálně recesivní ztrátě sluchu. Pacienti s časnou poruchou sluchu byly vyšetřeni kombinací několika metod molekulární genetiky. V prvním oddílu bylo vyšetřeno 8 genů u přibližně 50 vzorků pacientů s minimálně jedním neslyšícím sourozencem (CABP2 - 51 pacientů, CIB2 - 45 pacientů, PJVK/DFNB59 - 53 pacientů, GJB3 - 46 pacientů, ILDR1 - 48 pacientů, LHFPL5 - 66 pacientů, LRTOMT - 60 pacientů, TMIE - 64 pacientů) s alespoň jedním neslyšícím sourozencem. Příčinné mutace se podařilo objevit jen u dvou vzorků a ve dvou genech (LHFPL5, CABP2). Mutace v těchto genech nejsou častou příčinou NSHL-AR v České republice. V druhém oddílu bylo vyšetřeno 22 pacientů s minimálně jedním neslyšícím sourozencem metodou cíleného obohacování genů a masivně paralelního sekvenování (TGE-MPS) asociovaných NSHL-AR (v té době 46 genů), přičemž v bioinformatickém zpracování dat byla zařazena analýza CNV. Příčina byla objasněna u...