Molecular and phenotypic markers determining the spread of gram-positive nosocomial pathogens

Abstract

Healthcare-associated infections (HAIs) pose a significant burden on both healthcare facilities and patients. Among the most prevalent Gram-positive HAI pathogens are vancomycin- resistant enterococci (VRE), methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), and Clostridioides difficile. Their increasing prevalence highlights the need for epidemiological surveillance. Three surveillance studies were conducted as part of this thesis. In the first study, 102 VRE isolates were collected at the University Hospital Motol. Whole- genome sequencing (WGS) of 40 selected isolates revealed that sequence type ST117 was predominant and exhibited clonal clustering using whole-genome multilocus sequence typing (wgMLST). Most isolates carried the vanB operon integrated into the chromosome, while the vanA operon was predominantly plasmid-borne. Resistance to last-resort antimicrobials such as tigecycline and linezolid was observed in 21.6% and 0.01% of isolates, respectively. The second study analysed 412 non-duplicated MRSA isolates from across Slovakia. Clonal analysis using spa typing identified 14 lineages, with six major clones comprising over 94% of all isolates. The most prevalent were CC5-MRSA-II and CC22-MRSA-IV, both linked to older patients and exhibiting extensive antimicrobial resistance. In...

Infekce spojené se zdravotní péčí (HAI) představují významnou zátěž jak pro zdravotnická zařízení, tak pro samotné pacienty. Mezi nejčastější původce HAI způsobené grampozitivními bakteriemi patří vankomycin rezistentní enterokoky (VRE), meticilin rezistentní Staphylococcus aureus (MRSA) a Clostridioides difficile, což odůvodňuje důležitost epidemiologického dohledu. V rámci této práce byly provedeny tři studie. V první studii bylo ve Fakultní nemocnici Motol shromážděno 102 izolátů VRE. Celogenomové sekvenování (WGS) u 40 vybraných izolátů odhalilo dominanci sekvenčního typu ST117, který vykazoval klonální klastrování na základě multilokusové sekvenční typizace celého genomu (wgMLST). Většina izolátů měla operon vanB integrovaný v chromozomu, zatímco operon vanA byl převážně na plazmidu. Rezistence na antibiotika poslední volby jako je tigecyklin a linezolid, byla zjištěna u 21,6 % a 0,01 % izolátů. Druhá studie analyzovala 412 izolátů MRSA ze Slovenska. Klonální analýza pomocí spa typizace identifikovala 14 linií, přičemž šest hlavních linií tvořilo více než 94 % všech izolátů. Nejčastějšími liniemi byly CC5-MRSA-II a CC22-MRSA-IV, které byly asociovány se staršími pacienty a vyšší mírou antimikrobiální rezistence. Naproti tomu linie CC8-MRSA-IV, často nesoucí geny pro Panton-Valentinův...