Vývoj metod k určení proteinového profilu maligních i nemaligních krevních buněk

Abstract

Acute leukemia is the most common type of cancer in children. Although the prognosis of pediatric patients has greatly improved, there are still patients whose leukemia cells are resistant to treatment or the disease is repeatedly returning. For this reason, it is necessary to extend the knowledge about the pathogenesis of leukemic cells using the latest technologies. Expression profiling or whole-genome sequencing to search for mutations at the DNA level is frequently used in this case. Since DNA mutation or mRNA level does not always correlate with the presence or functionality of the protein, these techniques need to be supplemented with innovative proteomics tools. In this thesis we compared the separation of peripheral blood mononuclear cells of healthy donors (n = 7) using CD81 + T-Catch ™ designed by us with commonly used Ficoll-Paque ™ density gradient separation for mass cytometry. Using 21 heavy metal conjugated antibodies, we defined 17 target lymphocyte subpopulations, 2 contaminating subpopulations (erythrocytes and platelets) and 6 other (non-target) subpopulations of peripheral blood cells. We found that by both procedures we obtain a comparable representation of all target lymphocyte populations, using CD81 + T-CatchTM we obtain a lower product yield and it also leads to undesirable...

Akutní leukemie patří mezi nejčastější typ nádorového onemocnění u dětí. Přestože se prognóza dětských pacientů výrazně zlepšila, stále existují pacienti, jejichž leukemické buňky jsou vůči léčbě rezistentní nebo se jim onemocnění opakovaně vrací. Z tohoto důvodu je nutné rozšiřovat znalosti o patogenezi leukemických buněk pomocí nejnovějších technologií. Častým přístupem k této problematice je expresní profilování nebo celogenomové sekvenování za účelem hledání mutací na úrovni DNA. Vzhledem k tomu, že ne vždy mutace DNA nebo hladina mRNA koreluje s přítomností nebo funkčností proteinu, je nutné tyto techniky doplnit inovativními nástroji proteomiky. V předkládané dizertační práce jsme porovnali separaci mononukleárních buněk periferní krve zdravých dárců (n=7) pomocí námi navržené CD81+ imunoafinitní chromatografie (tzv. CD81+ T-CatchTM ) se standardně používanou separací přes hustotní gradient Ficoll-PaqueTM pro hmotnostní cytometrii. Pomocí 21 protilátek konjugovaných s těžkými kovy jsme definovali 17 cílových lymfocytárních subpopulací, 2 kontaminující subpopulace (červené krvinky a krevní destičky) a 6 dalších (necílových) subpopulací buněk periferní krve. Zjistili jsme, že oběma postupy získáme srovnatelné zastoupení všech cílových lymfocytárních populací, pomocí CD81+ T-CatchTM získáme produkt s...