Structure-Based Drug Discovery: Computational Insights into TGR5 Agonists and Substituted Catechol Vasodilators

Abstract

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Rudy Salam, M.Biomed Školitel: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Konzultant: Assoc. Prof. PharmDr. Jan Zitko, Ph.D. Název disertační práce: Objevování léčiv založené na strukturních metodách: výpočetní pohled na agonisty receptoru TGR5 a substituované katecholové vazodilátory Počítačem podporovaný návrh léčiv (CADD) urychluje a zefektivňuje vývoj léčiv prostřednictvím integrace výpočetních přístupů. Objevování léčiv založené na strukturních metodách (SBDD), základní kámen racionálního návrhu léčiv, identifikuje vůdčí sloučeniny na základě jejich interakcí ve vazebném místě receptoru. V teoretické části této disertační práce popisuji základní principy a metody SBDD, jako jsou molekulární dokování, farmakoforové vyhledávání a molekulové dynamiky (MD). Tato interdisciplinární disertační práce komentuje publikace doktoranda a ukazuje jako příklad implementaci výpočetních metod na příkladu dvou projektů: 1. Objevování nových agonistů Takeda G protein-coupled receptoru 5 (TGR5) kombinací farmakoforového vyhledávání, molekulárního dokování a MD simulací. 2. Využití molekulárního dokování k objasnění molekulárního cíle substituovaných katecholů s vazodilatačním...