Využití genomických dat k nalezení a detailnější analýze klíčových molekul u dětské akutní leukémie

Abstract

We used publicly available expression profiling data of pediatric acute lymphoblastic leukemia (ALL) to identify genes correlating with genotypic subtypes or risk of the relapse. We searched for genes that can be investigated on the protein level by flow cytometry. We identified molecules CD44 and CD27 correlating with TEL/AML1pos ALL, molecules CD49f and CD99 correlating with BCR/ABLpos and CD135 molecule correlating with MLLpos ALL. The correlation of other molecules was not confirmed (IL10RB and CD97) or it was not possible to detect their expression on protein level (CD103, ICOSL and TNFR2). Based on the expression of CD44 and CD27 we identified counterparts of TEL/AML1pos and TEL/AML1neg leukemic cells in nonmalignant bone marrow. Although CD27 is known as a marker of mature memory B cells we showed that CD27 is also expressed by malignant and non-malignant B precursors. We demonstrate that CD27 and CD44 delineate stages of B precursor development. The developmental sequence starts from undetermined progenitors, expressing CD44. Upon B lineage commitment, cells gain CD27 and lose CD44. The CD27posCD44neg (CD27 single positive, 27SP) cells express RAG-1 and TDT. These cells correspond to TEL/AML1pos ALL. The development follows to CD27/CD44 double positive (27/44DP) stage, 44SP stage and to CD27/CD44...

Použili jsme veřejně dostupná data z expresních profilů dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL), abychom identifikovali geny korelující s genotypovými podskupinami nebo rizikem relapsu. Vybírali jsme geny, jejichž expresi by bylo možné vyšetřovat na proteinové úrovni pomocí průtokové cytometrie. Identifikovali jsme molekuly CD44 a CD27 korelující s TEL/AML1pos ALL, molekuly CD49f a CD99 korelující s BCR/ABLpos a molekulu CD135 korelující s MLLpos ALL. U dalších molekul nebyla předpokládaná korelace prokázána (IL10RB, CD97) nebo nebylo možné jejich expresi stanovit na úrovni proteinu (CD103, ICOSL a TNFR2). Na základě exprese CD44 a CD27 jsme identifikovali imunofenotypové protějšky TEL/AML1pos a TEL/AML1neg leukemických buněk v nemaligní kostní dřeni. Ukázali jsme, že molekula CD27 známá jako znak paměťových B buněk, je přítomná také na nemaligních B prekurzorech. Molekuly CD44 a CD27 charakterizují stádia diferenciace B buněk. Poté co buňky začnou diferencovat směrem k B řadě, přestanou exprimovat molekulu CD44 a získají molekulu CD27 (CD27posCD44neg, 27SP buňky). Tyto buňky exprimují enzymy RAG-1 a TdT a odpovídají TEL/AML1pos leukemickým buňkám. Poté se buňky stávají CD27/CD44 dvojitě pozitivními (27/44DP) velkými proliferujícími buňkami, u kterých je potlačena exprese RAG-1. Ta je opět obnovena v...