Optimalizace složení mobilních fází pro analýzu peptidů vícemodální chromatografií

Abstract

Faculty of Pharmacy in Hradec Králové, Charles University Department of Analytical Chemistry Candidate: Ondřej Tužil Supervisor: PharmDr. Juraj Lenčo Ph.D. Title: Optimization of mobile phase composition for analysis of peptides in mixed-mode chromatography In bottom-up proteomic analyzes performed by liquid chromatography with mass detection, the mobile phase is acidified with weak acids, which do not suppress the intensity of the analytes in the detection to the same extent as commonly used acids for separations without mass detection. Such a mobile phase additive is formic acid, which is most commonly used at a concentration of 0.1 % (v / v). This work was focused on finding the lowest possible concentration of formic acid, which in combination with the multimodal stationary phase of the ACQUITY UPLC CSH C18 column from Waters would still ensure efficient separation of peptides, while increasing the response in the mass spectrometer. First, separations of peptide standards were performed by liquid chromatography with UV detection with decreasing amounts of formic acid in the mobile phase. It has been found that significantly lower concentrations of formic acid can be used for satisfactory peptide separation parameters. The three lowest concentration levels were used for mass detection analyzes,...

Farmaceutická Fakulta v Hradci Králové, Univerzita Karlova Katerdra Analytické chemie Kandidát: Ondřej Tužil Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo Ph.D. Název diplomové práce: Optimalizace složení mobilních fází pro analýzu peptidů vícemodální chromatografií Při bottom-up proteomických analýzách prováděných pomocí kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí se mobilní fáze okyseluje slabými kyselinami, které intenzitu analytů při detekci netlumí v takové míře jako běžně používané kyseliny pro separace bez hmotnostní detekce. Takovým aditivem mobilní fáze je kyselina mravenčí, která je nejběžněji používaná v koncentraci 0,1 % (v/v). Tato práce byla zaměřena na hledání nejnižší možné koncentrace kyseliny mravenčí, která by v kombinaci s vícemodální stacionární fází kolony ACQUITY UPLC CSH C18 od firmy Waters stále zajišťovala účinnou separaci peptidů, přičemž by se zároveň mělo dosáhnout zvýšení odezvy v hmotnostním spektrometru. Nejprve byly provedeny separace standardů peptidů na kapalinové chromatografii s UV detekcí s klesajícím množstvím kyseliny mravenčí v mobilní fázi. Bylo zjištěno, že pro vyhovující parametry separace peptidů je možné použít výrazně nižší koncentrace kyseliny mravenčí. Tři nejnižší koncentrační hladiny byly použity k analýzám s hmotnostní detekcí, kde byl skutečně pozorován...