Příprava substituovaných akridinů

Abstract

Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Candidate Kateřina Voštová Supervisor prof. PharmDr. Petr Zimčík, Ph.D. Consultant Mgr. Filip Kostelanský Title of Thesis Synthesis of substituted acridines Real-time PCR is a widely used method in many laboratories for diagnostic purposes. This method combines PCR with the use of fluorescent signaling agents, probes, to monitor the number of amplicons during each PCR cycle. There are several types of probes used for DNA analysis. Short probes do not form sufficiently stable duplexes with the target DNA sequence to be able to detect single base mismatching. This work provides an overview of the oligodeoxynucleotides (ODN) probes in use and in what way is their thermostability is affected. In the practical part, two structurally distinct acridine derivatives were prepared because they may increase duplex thermostability due to their ability to intercalate between DNA bases. By increasing the thermostability, the melting temperature of the duplex between probe and the target sequence is also increased. For this reason, acridine derivatives form promising compounds suitable for short ODN probes that are characterized by low thermal stability. The described reactions...

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát Kateřina Voštová Školitel prof. PharmDr. Petr Zimčík, Ph.D. Konzultant Mgr. Filip Kostelanský Název diplomové práce Syntéza substituovaných akridinů Polymerázová řetězová reakce (PCR) v reálném čase je velmi často využívaná metoda v mnoha laboratořích pro diagnostické účely. Tato metoda spojuje PCR s využitím fluorescenčních signálních látek - sond za účelem sledování množství amplikonů během každého cyklu PCR. Existuje několik typů sond používaných pro analýzu deoxyribonukleové kyseliny. Krátké sondy nevytváří dostatečně termálně stabilní duplexy s cílovou sekvencí DNA, aby byly schopny odhalit špatné párování jednotlivé báze. Tato práce obsahuje přehled způsobů řešení ovlivnění termostability krátkých oligodeoxynukleotidových (ODN) sond. V praktické části byly připraveny dva strukturně odlišné deriváty akridinu, které díky schopnosti interkalace mezi báze DNA mohou zvyšovat termostabilitu duplexu sondy s cílovou sekvencí. Zvýšením termostability dochází i ke zvýšení teploty tání duplexu. Z tohoto důvodu tvoří akridinové deriváty perspektivní látky vhodné pro krátké ODN sondy, které se vyznačují nízkou termální stabilitou. Popsané reakce přípravy akridinových derivátů...