Molekulárně genetické příčiny vývojových onemocnění předního segmentu oka
Anterior segment dysgenesis disorders and their molecular genetic cause
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/98268Identifikátory
SIS: 187192
Kolekce
- Kvalifikační práce [19614]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Ďuďáková, Ľubica
Oponent práce
Krulová, Magdaléna
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Genetika, molekulární biologie a virologie
Katedra / ústav / klinika
Katedra genetiky a mikrobiologie
Datum obhajoby
1. 6. 2018
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
dysgeneze předního segmentu oka, aniridie, molekulárně genetická analýza, sekvenování nové generace, Sangerovo sekvenování, aberantní sestřih, funkční analýzy, Exon trappingKlíčová slova (anglicky)
Anterior segment dysgenesis, aniridia, molecular-genetics analysis, next-generation sequencing, Sanger sequencing, splicing defects, functional analysis, Exon trappingV průběhu vývoje oka je klíčová exprese a regulace mnoha genů, přičemž úloha řady z nich, nebyla doposud zcela objasněna. Dysgeneze předního segmentu (DPS) oka jsou geneticky vysoce heterogenní skupinou onemocnění vykazující všechny typy Mendelovské dědičnosti, které se projevují jako variabilní kombinace vrozeného postižení rohovky, duhovky, komorového úhlu anebo čočky. Běžně prováděné testování kódujících úseků známých genů asociovaných s DPS, nevede k nalezení kauzální mutace u více než poloviny probandů. Lze se tedy domnívat, že existují dosud nepopsané příčinné varianty anebo geny. Molekulárně genetické vyšetření 12 českých probandů s DPS oka zahrnovalo analýzu přímým a celoexomovým sekvenováním. U mutací potenciálně narušující sestřih jsme provedli funkční analýzy pomocí metody Exon trappingu. U 4 probandů jsme nalezli v heterozygotním stavu 4 mutace v genu PAX6 c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T a c.622C>T; p.(Arg208Trp). Další probandka byla složeným heterozygotem v genu FOXE3 pro mutace c.244A>G; p.(Met82Val) a c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26). U 7 probandů nebyly ve známých genech asociovaných s výskytem DPS detekovány žádné potenciálně patogenní varianty. Metodou Exon trappingu jsme prokázali, že mutace c.1032+1G>A a c.1183+1G>T narušují sestřih PAX6. Podrobná molekulárně...
Proper eye development depends on expression and mutual regulation of many genes. Anterior segment dysgenesis (ASD) are a highly heterogeneous group of diseases exhibiting all types of Mendelian inheritance, which manifest as combination of congenital abnormalities of the cornea, iris, anterior chamber angle or lens. Screening of genes associated with ASD does not often lead to the identification of the underlying genetic cause implying that there are still novel variants or genes to be discovered. Molecular genetic analysis in 12 probands with ASD using Sanger and whole-exome sequencing were performed. Functional analysis by Exon trapping assay was provided in variants predicted to effect pre-mRNA splicing. Four PAX6 mutations evaluated as pathogenic or likely pathogenic in a heterozygous state were found in four probands c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T and c.622C>T; p.(Arg208Trp). One proband was found to be a compound heterozygote for c.244A>G; p.(Met82Val) and c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26) mutations in FOXE3. In 7 probands, no potentially pathogenic variants were identified. Exon trapping assay confirmed that mutations c.1032+1G>A and c.1183+1G>T have an effect on pre-mRNA splicing of the PAX6 gene. Detailed molecular-genetic analysis in patients with ASD may contribute to...