Příprava a charakterizace nových proteinových sekvencí (never-born proteins)
Expression and characterization of selected never-born proteins
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/76778Identifiers
Study Information System: 156177
Collections
- Kvalifikační práce [19614]
Author
Advisor
Referee
Pavlíček, Jiří
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Biochemistry
Department
Department of Biochemistry
Date of defense
5. 9. 2016
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Very good
Keywords (Czech)
evoluce bílkovin, struktura bílkovin, náhodné sekvenceKeywords (English)
protein evolution, protein structure, random sequencesTato bakalářská práce se zabývá studiem náhodných polypeptidových sekvencí a výskytem sekundárních struktur v náhodném sekvenčním prostoru. Sekvence k experimentální charakterizaci byly vybrány z in silico knihovny obsahující 104 sekvencí na základě predikcí sekundárních struktur, rozpustnosti a proteinové neuspořádanosti anebo zcela náhodným výběrem. V předkládané práci je charakterizováno 8 bílkovin ze skupiny zcela náhodného výběru sekvencí výše popsané knihovny. Nejprve je charakterizována exprese a rozpustnost těchto bílkovin. Práce se dále zaměřuje na jeden vybraný protein, u kterého byla provedena optimalizace podmínek exprese, purifikace a následná podrobnější biofyzikální charakterizace. Klíčová slova: evoluce bílkovin, struktura bílkovin, náhodné sekvence
This bachelor thesis deals with the study of random polypeptide sequences and occurence of secondary structure in random sequence space. Sequences for experimental characterization were selected from library containing 104 random sequences on the basis of (i) either predictions of secondary structure and disorder occurence and prediciton of solubility or (ii) a completely random selection. Eight proteins studied in this thesis belong to the second option - i.e. they were selected from the in silico generated library completely randomly. First, expression and solubility was analysed for these eight proteins. In addtion, one of the proteins was selected for further analysis. The thesis involves optimization of its expression and purification as well as its detailed biophysical characterization. (In Czech) Key words: protein evolution, protein structure, random sequences