Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Scaffold hopping-based exploration of chemical space
diploma thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/72612Identifiers
Study Information System: 129668
Collections
- Kvalifikační práce [10690]
Author
Advisor
Referee
Krivák, Radoslav
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Software Systems
Department
Department of Software Engineering
Date of defense
8. 9. 2014
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
Czech
Grade
Very good
Keywords (Czech)
cheminformatika, chemický prostor, scaffoldKeywords (English)
cheminformatics, chemical space, scaffoldPráce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
This work is based on the Molpher SW project, which is client-server application aiding exploration of chemical space between two input molecules. Aim of master thesis was modify the current version of program to manage scaffold hopping technique. This technique represents molecule in a simplified way. The simpler molecule is called scaffold. First of all there was need to define seve- ral levels of granularity and for each level define morphing operators. Server was modified with respect for parallelization. Experimental exploration of chemical space with and without the new feature is part of this work too. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)