Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Scaffold hopping-based exploration of chemical space
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/72612Identifikátory
SIS: 129668
Kolekce
- Kvalifikační práce [10932]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Krivák, Radoslav
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Softwarové systémy
Katedra / ústav / klinika
Katedra softwarového inženýrství
Datum obhajoby
8. 9. 2014
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Čeština
Známka
Velmi dobře
Klíčová slova (česky)
cheminformatika, chemický prostor, scaffoldKlíčová slova (anglicky)
cheminformatics, chemical space, scaffoldPráce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
This work is based on the Molpher SW project, which is client-server application aiding exploration of chemical space between two input molecules. Aim of master thesis was modify the current version of program to manage scaffold hopping technique. This technique represents molecule in a simplified way. The simpler molecule is called scaffold. First of all there was need to define seve- ral levels of granularity and for each level define morphing operators. Server was modified with respect for parallelization. Experimental exploration of chemical space with and without the new feature is part of this work too. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)