The study of epigenetic regulation of HLA class II genes at the level of histone modification
Studium epigenetické regulace HLA genů II. třídy na úrovni histonových modifikací
diploma thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/67990Identifiers
Study Information System: 130955
Collections
- Kvalifikační práce [19062]
Author
Advisor
Referee
Hirsch, Ivan
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Genetics, Molecular Biology and Virology
Department
Department of Genetics and Microbiology
Date of defense
15. 9. 2014
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Good
Keywords (Czech)
MHC II. třídy, epigenetika, histonové modifikace, RNA exprese, genotypizaceKeywords (English)
MHC class II, DQA1, epigenetics, histone modification, RNA expression, genotypizationÚvod: Epigenetické modifikace mohou mít významný vliv na na aktivitu genů regulací jejich exprese, čímž mohou přímo ovlivnit mnohé procesy v lidském těle. Epigenetické procesy se také podílejí na etiopatogenezi mnoha chorob. Z tohoto úhlu pohledu se MHC geny jeví jako zvláště důležité, protože jsou spojeny s mnoha autoimunitními poruchami, například s diabetes mellitus prvního typu. Autoimunitní choroby se obecně zdají být úzce propojeny s určitými MHC geny II. třídy. Cíle: Cílem této práce je určit vztah mezi úrovní exprese a přítomností histonových modifikací v promotorovém úseku MHC genu II. třídy DQA1. Dále analyzujeme a srovnáváme exprese mRNA genu DQA1 v závislosti na přítomné QAP alele promotoru. Metody: Ze vzorků periferní krve od dobrovolných dárců jsme izolovali nukleové kyseliny (DNA i RNA) a leukocyty. DNA byla nadále využita pro genotypizaci jedinců. RNA byla podrobena reverzní transkripci a následně kvantitativní PCR za účelem vyhodnocení úrovně exprese. Leukocyty byly použity pro chromatinovou imunoprecipitaci, která byla vyhodnocena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Úroveň exprese QAP alely 3.1 byla zvýšená oproti ostatním alelám. Alela 4.1A se naopak exprimovala na významně nižší úrovni. Histonové modifikace byly zjištěny pro DQA1 alely *01, *02, *03 a *05. Mezi expresí a...
Introduction: The epigenetic modifications can significantly affect and alter the gene activity by regulating their expression, having direct impact on various processes in human body. Epigenetic processes are involved in ethiopathogenesis of many diseases. From this point of view, MHC genes are very important as they were linked to many autoimmune disorders, for example type 1 diabetes mellitus. In general autoimmune diseases appear to be connected to certain MHC class II genes. Aims: The aim of this thesis is to determine the relationship between expression levels and histone modifications present in the promoter area of MHC class II gene, DQA1. Moreover, we also analyze and compare the DQA1 gene mRNA expression depending on the QAP promoter allele. Methods: We isolated both nucleic acids (DNA and RNA) and leukocytes from peripheral blood samples collected from voluntary donors. DNA was utilized for genotypization of individuals. RNA was subjected to reverse transcription and the quantitative PCR was performed in order to determine the level of expression. Leukocytes were used for chromatin immunoprecipitation, which was evaluated using quantitative PCR. Results: The expression level of QAP allele 3.1 was found to be higher than for the rest of the alleles Allele 4.1A showed, on the other hand,...