Vizualizace sekundární struktury RNA molekul
Vizualizace sekundární struktury RNA molekul
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/58111Identifikátory
SIS: 126697
Kolekce
- Kvalifikační práce [10957]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Pelikán, Josef
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Obecná informatika
Katedra / ústav / klinika
Katedra softwarového inženýrství
Datum obhajoby
24. 1. 2013
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Velmi dobře
Klíčová slova (česky)
RNA,sekundární struktura, vizualizaceKlíčová slova (anglicky)
RNA, secondary structure, visualizationNázev práce: Vizualizace sekundární struktury RNA molekul Autor: Tomáš Kadlec Katedra: Katedra softwarového inženýrství Vedoucí bakalářské práce: RNDr. David Hoksza, Ph.D. Abstrakt: Díky vědeckým poznatkům v posledních letech roste význam studia RNA řetězců. Tyto struktury jsou v biologických pochodech významější než se předpokládalo. Výsledkem je nárůstající potřeba po vizualizačních nástrojích sekundární struktury RNA. Výskyt tzv. pseudouzlů významě ztěžuje náročnost takové úlohy. Práce se zabývá vizualizací RNA struktur za pomocí Force-directed algoritmů. Ve stručnosti je shrnut vývoj na poli těchto metod. V rámci práce je implementován vizualizační nástroj za použití jmenovaných algoritmů schopný exportu do vektorového formátu. Klíčová slova: RNA, sekundární struktura, vizualizace
Title: Visualisation of secondary structure of RNA molecules Author: Tomáš Kadlec Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Hoksza, Ph.D. Abstract: Because of recent scientific discoveries study of RNA structures is be- coming of greater importance. These structures are more important in biological processes than was originally assumed. Consequently there is a growing need for visualization tools for secondary structures of RNA. Occurrences of pseudoknots makes this problem significantly harder. Visualization of RNA structures throu- gh Force-directed algorithms is explored in this thesis. We summarize progress in the field of FDA and we implement visualization tool based on these algorithms. Resulting tool is also capable of exporting acquired layout to vector format. Keywords: RNA, secondary structure, visualization