Na velikosti záleží - biogeneze a funkce siRNA u Arabidopsis
Size matters - siRNAs biogenesis and function in Arabidopsis
bachelor thesis (DEFENDED)
![Document thumbnail](/bitstream/handle/20.500.11956/53565/thumbnail.png?sequence=7&isAllowed=y)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/53565Identifiers
Study Information System: 130449
Collections
- Kvalifikační práce [19592]
Author
Advisor
Consultant
Tyč, Dimitrij
Referee
Honys, David
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Molecular Biology and Biochemistry of Organisms
Department
Department of Experimental Plant Biology
Date of defense
6. 6. 2013
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Very good
Keywords (Czech)
Arabidopsis thaliana, miRNA, nat siRNA, PTGS, RNAi, sRNA (malé RNA), siRNA, ta siRNA, TGSKeywords (English)
Arabidopsis thaliana, miRNA, nat siRNA, PTGS, RNAi, sRNA (small RNA), siRNA, ta siRNA, TGSRNA interference (RNAi) hraje důležitou roli v různých biologických procesech zahrnujících regulaci genů a transposonů, vývoje částí rostlinného těla, reakci na stres, remodelaci chromatinu a antivirovou obranu. Základem RNAi jsou krátké molekuly RNA (malé RNA, sRNA), které rostliny produkují ve velikostním rozmezí 21 - 24 nukleotidů (nt) a které jsou schopny na základě komplementarity rozpoznat cílové molekuly RNAi. Malé RNA lze rozdělit na dva základní typy: microRNA (miRNA) a malé interferující RNA (siRNA). K tvorbě a aktivitě malých RNA jsou potřeba proteiny z několika genových rodin: DICER-LIKE (DCL) vytváří malé RNA z dvouvláknového RNA prekurzoru, který je často tvořen aktivitou RNA dependentní RNA polymerázy (RDR). Proteiny ARGONAUTE (AGO) s těmito malými RNA asociují a vytváří tak RNA-indukovaný umlčující komplex (RISC), který hraje klíčovou roli v rozpoznání cílové molekuly a ve výkonné fázi RNAi. Na to, jakou dráhou se bude RISC komplex ubírat, má vliv velikost, struktura i biogeneze malé RNA. RNAi působí jednak na post-transkripční úrovni (PTGS), formou degradace cílové RNA či blokováním translace, a jednak na transkripční úrovni (TGS), kde sRNA zprostředkovávají metylaci histonů a DNA.
RNA interference (RNAi) play a key role in various biological processes including regulation of gens and transposons, phylogenetic of part plant body, stress response, chromatin remodeling and antiviral mechanism. The ground of RNAi is short RNA molecules (small RNA, sRNA). In plants they are produced in range from 21 to 24 nucleotides (nt) and on the basis of being complementary they recognize target molecule of RNAi. It is possible to divide small RNA in two basic classes: microRNAs (miRNA) and small interfering RNAs (siRNA). To product and put small RNA into activate needs proteins from several gene family. DICER-LIKE (DCL) proteins create small RNAs from double-strand RNA precursors, which are often created by RNA dependent RNA polymerase (RDR) activity. With these small RNAs interact ARGONAUTE (AGO) proteins and together create RNA-Induced Silencing Complex (RISC). Those complexes play a key role in recognizing target molecule in active phase of RNAi. Structure and biogenesis of sRNAs has decisive influence on RISC complex and its next way in biogenesis. RNAi cause effect on post-transcriptional level (PTGS), as degradation of target molecule or repression of translation. And on transcriptional level (TGS) as sRNA intermediate histone and DNA methylation.
Citace dokumentu
Metadata
Show full item recordRelated items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Ovlivnění kvality, funkce a výsledků transplantace pankreatických ostrůvků pomocí RNA interference
Defence status: DEFENDEDKosinová, Lucie (Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta, 2022)Date of defense: 22. 6. 2022Transplantation of insulin producing tissue is the only therapeutic method so far allowing type 1 diabetic patients to achieve long-term independence of insulin administration. Transplantation of isolated pancreatic islets ... -
Metody RNAi a CRISPR a jejich využití pro genetické manipulace parazitických protist
Defence status: DEFENDEDKaiserová, Veronika (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2017)Date of defense: 12. 9. 2017RNA interference slouží jako obranný mechanismus, pomocí něhož se organismy brání proti cizorodým nukleovým kyselinám. RNAi negativně ovlivňuje translaci vazbou malých nekódujících molekul RNA ke komplementárnímu úseku ... -
Dopravní systémy na bázi syntetických hydrofilních polymerů pro přenos a řízené uvolňování siRNA
Defence status: DEFENDEDBlažková, Jana (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2015)Date of defense: 15. 9. 2015Terapeutika na bázi siRNA představují slibnou naději pro léčbu řady vrozených i získaných onemocnění. Princip metody spočívá v posttranskripčním umlčení patologického genu nebo souboru genů (tzv. RNAi proces), které jsou ...