Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins.
Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů.
dizertační práce (OBHÁJENO)
Důvod omezené dostupnosti:
Přílohy práce nebo její části jsou nepřístupné v souladu s čl. 18a odst. 7 Studijního a zkušebního řádu Univerzity Karlovy v Praze ve spojení s čl. 9 opatření rektora č. 6/2010.
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/47878Identifikátory
SIS: 84994
Kolekce
- Kvalifikační práce [20052]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Pospíšek, Martin
Staněk, David
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie
Katedra / ústav / klinika
Katedra buněčné biologie
Datum obhajoby
14. 2. 2012
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Prospěl/a
Ondřej Gahura, Dizertační práce 2011 Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů Abstrakt Odstraňování intronů z transkriptů probíhá prostřednictvím sestřihu v reakci katalyzované velkým jaderným komplexem - spliceosomem. Sestřih je nesmírně komplikovaný a dynamický proces, v němž koordinované fungování pěti malých molekul RNA a řady proteinů zajišťuje splnění požadavků na extrémní přesnost a flexibilitu. Pro důkladné pochopení sestřihu pre-mRNA je nezbytné rozklíčovat role jednotlivých komponent spliceosomu a porozumět všem dílčím mechanismům. První část práce se zabývá rolí sestřihového faktoru Prp45 v kvasince Saccharomyces cerevisiae. Mapování genetických interakcí alely prp45(1-169) ukazuje na vztah mezi Prp45, NTC komplexem a druhým sestřihovým krokem. Analýza interakcí pomocí dvouhybridního systému a purifikace sestřihových komplexů dokladuje roli C-koncové části Prp45 v regulaci a/nebo vyvazování helikázy Prp22 do spliceosomu. Experimenty s reportérovými substráty prokazují, že Prp45 je vyžadován pro efektivní sestřih určité skupiny intronů. Naše pozorování podporují hypotézu, že role Prp45 v sestřihu je konzervována v evoluci. Druhá část práce je věnována studiu vlivusekundárních struktur intronů na identifikaci 3' sestřihových míst (3' splice site; 3'ss). Ukázali jsme, že...
Ondřej Gahura, PhD Thesis 2011 Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins Abstract Removal of introns from protein coding transcripts occurs in two splicing reactions catalyzed by a large nuclear complex, spliceosome. The spliceosome is an extremely intricate and dynamic machine, wherein contributions of small RNA molecules and multiple proteins are coordinated to meet the requirements of absolute precision and high flexibility. For an intimate understanding of pre-mRNA splicing, it is necessary to unravel roles of individual components and to dissect the partial mechanisms. In the first part of this work, we describe the role of the Prp45 splicing factor in Saccharomyces cerevisiae. Mapping of genetic interactions of a conditionally lethal allele prp45(1-169) suggests a relationship of Prp45 to the NTC complex and to the second transesterification. Two-hybrid assay and purification of spliceosomal complexes reveal a contribution of the Prp45 C-terminus in the Prp22 helicase recruitment and/or regulation. Numerous experiments with reporter substrates document the need of Prp45 for the efficient splicing of a specific subset of introns. Our observations suggest that the function of Prp45 in splicing is conserved in evolution. The second part is devoted to the role of...