Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment
Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment
rigorous thesis (RECOGNIZED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/47641Identifiers
Study Information System: 111897
Collections
- Kvalifikační práce [19114]
Author
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures
Department
Department of Physical and Macromolecular Chemistry
Date of defense
20. 9. 2011
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Recognized
Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta...
Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta...