Zkoumání jaderné funkce interleukinu-1alfa
Dissecting the nuclear function of the interleukin-1alpha
diploma thesis (DEFENDED)
![Document thumbnail](/bitstream/handle/20.500.11956/43498/thumbnail.png?sequence=8&isAllowed=y)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/43498Identifiers
Study Information System: 100269
Collections
- Kvalifikační práce [19606]
Author
Advisor
Referee
Vondrejs, Vladimír
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Genetics, Molecular Biology and Virology
Department
Department of Genetics and Microbiology
Date of defense
7. 6. 2012
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
IL-1alfa, cytokin dvojí funkce, histonacetyltransferázový komplex, SAGA komplex, Ada2, Spt fenotyp, transaktivační doménaKeywords (English)
IL-1alfa, dual function cytokine, histone acetyltransferase complex, SAGA complex, Ada2, Spt phenotype, transactivating domainInterleukin-1alfa (IL-1alfa) je dobře známý jako extracelulární prozánětlivá signální molekula. Množí se však i důkazy pro jeho nekanonickou jadernou funkci, která jej řadí mezi "cytokiny dvojí funkce". Tato funkce není závislá na oblasti aktivující receptor, ale na jeho evolučně konzervované N-terminální doméně, která po rozštěpení prekurzoru zůstává v buňce a přesouvá se do jádra. Je známo, že prekurzor lidského IL-1alfa dokáže interagovat s histonacetyltransferázovými (HAT) komplexy. Doposud ale nebyla určena bílkovina z těchto komplexů, která je za interakci s N-terminální doménou IL-1alfa zodpovědná. Pro studium interakce IL-1alfa s HAT byla N-terminální doména lidského IL-1alfa, respektive celý prekurzor IL-1alfa, produkovány v kvasinkách. Byla testována vhodnost takového uspořádání pro studium interakce IL-1alfa s eukaryontními komplexy. Bioinformatickou analýzou byly v rámci této práce charakterizovány predikované oblasti, kterými se IL-1alfa může vázat na koaktivátory transkripce. Jeden z proteinů, na který se IL-1alfa může těmito oblastmi vázat, je Ada2. Proteiny Ada2, prekurzor a maturovaný IL-1alfa byly v bakteriálním expresním systému produkovány ve fúzi s epitopy vhodnými pro afinitní purifikaci a přečištěny. Tato práce dále předkládá predikci terciární struktury N-terminální domény IL-1alfa....
Interleukin-1alpha (IL-1alpha) is a well-known proinflammatory mediator acting as a secreted molecule. However, in addition to its ability to activate its membrane-bound receptor, there is growing evidence on its noncanonical nuclear function, which classifies IL-1alpha as a "dual function cytokine". This nuclear action depends on the evolutionary conserved N-terminal domain of IL-1alpha. After proteolytic processing, the N-terminal domain of IL-1alpha translocates into nucleus. Histone acetyltransferase (HAT) complexes were previously identified as nuclear targets of IL-1alpha precursor. However, the specific protein which is responsible for the interaction between IL-1alpha and HAT complexes has not been identified yet. To dissect this interaction, the N-terminal domain of IL-1alpha was produced in yeast. Suitability of this experimental setup for testing the interaction between IL-1alpha and eukaryotic HAT complexes was evaluated in this study. IL-1alpha has been analyzed in this study using bioinformatics approaches as well. Putative amphipatic acidic helixes of IL-1alpha have been characterized. One of the potential binding partners of these domains is protein Ada2. Protein Ada2, mature IL-1alpha and IL-1alpha precursor in fusion with epitopes suitable for affinity purification were produced in...