Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie

Abstract

Tato práce se zabývá určováním termodynamických parametrů teplotně indukovaného rozpadu duplexů DNA. Byla provedená přesná měření UV absorpčních spekter roztoků krátkých řetězců DNA se selfkomplementární sekvencí v závislosti na teplotě a pro několik různých koncentrací. Těžištěm práce jsou návrhy a porovnání různých postupů analýzy dat s cílem nalezení nejlepšího postupu pro určování velikostí změn termodynamických potenciálů. Bylo ukázáno, že kombinace faktorové analýzy a fitu termodynamických vztahů na teplotní závislosti získaných koeficientů dovoluje určit tyto parametry z měření provedeného pouze pro jednu koncentraci vzorku a to s lepší přesností, než dosud doporučovaný postup založený na určování teplot tání pro několik koncentrací.

This work deals with determination of thermodynamic parameters concerning the temperature induced decomposition of DNA duplexes. Precise temperature dependences of solution UV absorption spectra have been measured for several concentrations. Proposals and tests of various data analysis procedures, with aim to find out optimal way how to determine the thermodynamic potentials changes, represent the core of the work. It has been demonstrated that the combination of a factor analysis and a fit of thermodynamic equations to temperature dependences of obtained coefficient values, enables these parameters to be obtained from a measurement performed for only one concentration and with better precision than by using the so far recommended method based on a melting temperature determination for several concentrations.