Analýza spektra genetických variant asociovaných s rozvojem Parkinsonovy choroby

Abstract

Parkinson's disease (PD) is one of the most common neurodegenerative disease in humans. It affects all age categories and the number of patients with this disease is still growing. However, the genetic cause of PD is not yet very clear and new and new candidate genes are constantly being discovered. The aim of the thesis is to perform a mutation analysis in a group of patients and controls from the Czech population and thus find possible genetic causes of parkinsonism in a cohort of researched patients. The second aim is to evaluate data correlation obtained by different methods. Next generation sequencing was used for this purpose. The results of this sequencing were verified with methods such as MLPA (Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification), analysis of short tandem repeats and Sanger sequencing. Using these methods, we obtained a wide range of possible genetic causes of parkinsonism in the studied group of patients. Patogenic or risk variants were found not only in classical candidate genes typical for PD (called PARK), but also in genes associated with other neurodegenerative diseases. For less than half of the patients (42,64 %), the genetic cause of parkinsonism was not found. Using several methods, we found that next generation sequencing is a very precise method, that can well...

Parkinsonova choroba (PD, z angl. Parkinson's disease) je jedno z nejčastějších neurodegenerativních onemocnění u lidí. Postihuje všechny věkové kategorie a počet pacientů s tímto onemocněním stále roste. Genetická příčina PD však zatím není příliš osvětlena a jsou objevovány stále nové a nové kandidátní geny. Cílem této práce je provést mutační analýzu u souboru pacientů a kontrol z české populace a nalézt tak možné genetické příčiny parkinsonismu u kohorty zkoumaných pacientů. Druhým cílem je vyhodnotit korelaci dat získaných různými metodami. Za těmito účely bylo použito sekvenování nové generace. Výsledky tohoto sekvenování byly ověřeny metodami MLPA (Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification), analýzou krátkých tandemových repetic a Sangerovou sekvenací. Pomocí uvedených metod jsme získali široké spektrum možných genetických příčin parkinsonismu ve studovaném souboru pacientů. Patogenní či rizikové varianty byly nalezeny nejen v klasických kandidátních genech typických pro PD (s označením PARK), ale také v genech spojených s jinými neurodegenerativními onemocněními. U necelé poloviny pacientů (42,64 %) nebyla genetická příčina parkinsonismu nalezena. Za použití několika metod jsme zjistili, že sekvenování nové generace je velice přesnou metodou, jež dokáže v genomu dobře odhadnout...