De novo transcriptomics and its use in non-model organisms
De novo transkriptomika a její využití u nemodelových organismů
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/149281Identifiers
Study Information System: 231404
Collections
- Kvalifikační práce [20052]
Author
Advisor
Referee
Svatoňová, Petra
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Bioinformatics
Department
Department of Cell Biology
Date of defense
14. 9. 2021
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Very good
Keywords (Czech)
transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assemblyKeywords (English)
transcriptomics, de novo transcriptomics, transcriptome, RNA-Seq, non-model organism, assemblyRozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium nemodelových organismů. Bez nutnosti mít referenční genom k dispozici, de novo transkriptomika umožňuje studium funkčních elementů genomů. Díky tomu je možné zkoumat komplexitu nemodelových organismů. Tato práce poskytuje ucelený přehled kroků de novo studia transkriptomů z pohledu bioinformatiky. Důraz byl kladen na teoretické základy i na praktické přístupy. Práce rovněž představí nové metody de novo transkriptomiky, které mohou v blízké budoucnosti začít dominovat. Praktická část práce představuje transXpress - pipeline pro de novo sestavování transkriptomů a jejich anotaci. Jeho použití je ukázáno na nemodelové rostlině pepřovníku dlouhém (Piper longum), který má medicinální potenciál. Klíčová slova: transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assembly
The rise of second generation sequencing enabled the study of non-model organisms. Without the requirement of having a reference genome, de novo transcriptomics allows the study of functional elements of their genomes. That way, the great complexity of non-model organisms can be explored. This thesis gives a comprehensive overview of the de novo transcriptomics experiment workflow from a bioinformatics perspective. The emphasis was placed on both theoretical background and practical approaches. This work also highlights new methods in de novo transcriptomics which may start to dominate in the near future. The practical part of the work presents transXpress - a de novo transcriptome assembly and annotation pipeline. Its use is demonstrated on a non-model plant long pepper (Piper longum) with medicinal potential. Keywords: transcriptomics, de novo transcriptomics, transcriptome, RNA-Seq, non-model organism, assembly