Role of small ribosomal proteins forming the decoding site in translation.
Úloha vybraných malých ribosomálních proteinů tvořících dekódující místo v translaci.
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/119672Identifikátory
SIS: 220408
Kolekce
- Kvalifikační práce [19614]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Hálová, Martina
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Molekulární biologie a biochemie organismů
Katedra / ústav / klinika
Katedra genetiky a mikrobiologie
Datum obhajoby
10. 7. 2020
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
translace, pročtění stop kodonu, ribozom, ribozomální proteiny, uS12, uS19, eS25, eS30Klíčová slova (anglicky)
translation, stop codon readthrough, ribosome, ribosomal proteins, uS12, uS19, eS25, eS30Translace je jeden z klíčových mechanismů probíhajících v buňce každou sekundu po dobu celé její existence. Jde o velice složitý proces, který je zajišťován třemi hlavními aktéry: tRNA, mRNA a ribosomy. I přesto, že už studován po několik desetiletí, znalosti týkající se několika funkčních aspektů jsou stále mizivé. Tato bakalářská práce se zaměřuje na čtyři malé ribozomální proteiny vyjmenované níže, které dosahují k dekódovacímu centru malé ribozomální podjednotky. Zvyšuje povědomí o struktuře a funkci uS12, uS19, eS25 a eS30, jejich evoluci, roli v ribozomu a jejich vlivu na různé fáze translace. Konkrétně tato práce specificky zkoumá důležitost těchto čtyř ribosomálních proteinů na pročtění stop kodonu. K tomuto fenoménu dochází, když blízce příbuzná aminacylová- tRNA nebo přirozeně supresorová tRNA vyhraje s eRF1 nad příslušným stop kodonem, a tak syntéza protein pokračuje vedoucí k existence delšího protein. Shrnuje aktuální poznání jeho původu, mechanismu, existence v různých živočišných druzích, přinos i nevýhody, které buňce či dokonce organismu poskytuje, a na závěr shrnuje dostupné znalosti o potenciálním využití pročtení stop kodonu v lékařství. Klíčová slova: translace, pročtění stop kodonu, ribozom, ribozomální proteiny, uS12, uS19, eS25, eS30
Translation is one of the key mechanisms occurring in the cell during every second of its existence. It is a very complex process ensured by three main actors: tRNAs, mRNAs and ribosomes. Despite of being thoroughly studied over decades, the understanding of some of its functional aspects is still rather poor. This bachelor thesis focuses on four small ribosomal proteins listed below that are reaching to the decoding centre of the small ribosomal subunit. It raises awareness of the structure and function of uS12, uS19, eS25 and eS30, their evolution, role within the ribosome, and the influence they have on various stages of translation. In particular, this thesis specifically reviews the importance of these four proteins for the stop codon readthrough. This phenomenon occurs when a near-cognate aminoacyl-tRNA or a natural suppressor tRNA wins with eRF1 over the corresponding stop codon and thus protein synthesis is continued resulting in the existence of a longer protein. It summarizes our current knowledge of its origin, molecular details of its mechanism, its existence in different species, benefits and disadvantages it brings to the life of a cell or even an organism, and finally it sums up all available knowledge for potential future use of readthrough in therapeutics. Key words: translation,...