Melting of a methylated CpG-containing DNA double helix
Tání dvoušroubovice DNA obsahující methylovaný CpG motiv
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/100906Identifiers
Study Information System: 193703
Collections
- Kvalifikační práce [10932]
Author
Advisor
Consultant
Štěpánek, Josef
Štěpánková, Helena
Referee
Hanyková, Lenka
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Applied Physics
Department
Department of Low Temperature Physics
Date of defense
3. 9. 2018
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
English
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
DNA, 5-methylcytosin, NMRKeywords (English)
DNA, 5-methylcytosine, NMRRozpad dvoušroubovice DNA na dvě samostatná vlákna je klíčovým procesem pro život na Zemi. Předchozí experimenty na selfkomplementární sekvenci CTTm5CGAAG, obsahující 5-methylcytosin, naznačují odchylky od dvoustavového tání duplexu. V této práci byla měřena 1H spektra jaderné magnetické rezo- nance tohoto oligonukleotidu při několika koncentracích v rozsahu teplot od 274 K do 366 K. Analýzou chemických posuvů aromatických vodíků podléhajících rychlé chemické výměně jsme dospěli k závěru, že nejpravděpodobnějším mezistavem při tání DNA je blíže neurčená struktura sestávající se ze dvou molekul oligonukleotidu.
The melting of a DNA double helix into two single strands is a crucial process for life on Earth. Previous experimental data on the self-complementary sequence CTTm5 CGAAG containing 5-methylcytosine suggests that the melting of an oligonucleotide might be a three-state, rather than two-state process. To assess this, 1 H NMR spectra were measured at varied concentrations of the oligonucleotide in temperatures between 274 and 366 K. Through analysis of the chemical shifts of aromatic hydrogens undergoing fast chemical exchange, we have determined that the most likely intermediate state between a double helix and a single stranded random coil is a structure consisting of two oligonucleotide molecules rather than a structured single strand.