Zobrazit minimální záznam

Význam a rola reverzných transkriptáz pri analýze génovej expresie
dc.contributor.advisorValihrach, Lukáš
dc.creatorŽucha, Daniel
dc.date.accessioned2019-05-03T15:26:28Z
dc.date.available2019-05-03T15:26:28Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/98637
dc.description.abstractThe continuously advancing field of gene expression analysis enables the evaluation of even the slightest changes that occur in the cell transcriptome. In order to ensure accuracy of the observed biological variances, it is fundamentally important to be aware of the possible biases introduced during sample processing. In gene expression research, the methods of reverse transcription−quantitative PCR (RT−qPCR) and RNA- Sequencing (RNA-Seq) are often the primary choice, mostly because of their high precision and reproducibility. Since these both methods require DNA template, they are coupled with the same initial step - reverse transcription (RT), a reaction producing DNA complementary to its RNA template. It is well known that RT introduces bias. As a result, it is therefore of importance to thoroughly evaluate the effects of these biases. One such annotated source of artifacts is the reverse transcriptase (RTase) itself. However, it has been shown that the enzyme does not account for most of the variance alone. Surprisingly, choice of primers or RNA template may influence the reaction outcome even more than the bias introduced from the enzyme. This is especially the case with recent advances in protein engineering. Production of highly efficient RTases may pronounce the variation originating from...en_US
dc.description.abstractNeustále napredovanie v oblasti analýzy génovej expresie umožňuje zaznamenať aj tie najmenšie zmeny, ktoré sa odohrávajú v transkriptóme bunky. Pre zaistenie správnosti pozorovanej biologickej odlišnosti, je dôležité byť si vedomý možných chýb, ktoré sú dôsledkom spracovania vzoriek. Vo výskume génovej expresie sú často metódy reverznej transkripcie−kvantitatívnej PCR (RT−qPCR) a RNA sekvenovania (RNA-Seq) prvotnou voľbou, najmä z dôvodu ich vysokej presnosti a reprodukovateľnosti. Nakoľko obe tieto metódy potrebujú DNA ako templát, často im predchádza krok reverznej transkripcie (RT), reakcie syntetizujúcej DNA komplementárnu k RNA vláknu. Je známe, že RT sa do určitej miery vyznačuje chybovosťou, čo je práve podnetom na jej podrobné preskúmanie. Zdrojom artefaktov môže byť samotná reverzná transkriptáza (RTase), ale bolo preukázané, že enzým nie je jediným zdrojom týchto chýb. Výber stratégie primingu alebo RNA templát samotný môžu ovplyvniť výsledok reakcie ešte vo väčšej miere. Najmä v spojitosti so súčasným pokrokom v proteínovom inžinierstve, produkujúcom vysoko efektívne reverzné transkriptázy, sa variácia spôsobená ostatnými komponentmi reakcie ešte viac dostáva do popredia. Táto práca sa zameriava na charakteristiku reverznej transkriptázy a faktorov ovplyvňujúcich reverznú transkripciu....cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectreverzná transkripciacs_CZ
dc.subjectgénová expresiacs_CZ
dc.subjectreverzná transkripcia−kvantitatívna PCRcs_CZ
dc.subjectRNA sekvenovaniecs_CZ
dc.subjectoligonukleotidcs_CZ
dc.subjectreverse transcriptionen_US
dc.subjectgene expressionen_US
dc.subjectreverse transcription−quantitative PCRen_US
dc.subjectRNA-Sequencingen_US
dc.subjectoligonucleotideen_US
dc.titleThe importance and role of reverse transcriptases in gene expression analysisen_US
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-06-05
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId193309
dc.title.translatedVýznam a rola reverzných transkriptáz pri analýze génovej expresiecs_CZ
dc.contributor.refereeŠpanielová, Hana
dc.identifier.aleph002190394
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMolekulární biologie a biochemie organismůcs_CZ
thesis.degree.disciplineMolecular Biology and Biochemistry of Organismsen_US
thesis.degree.programSpeciální chemicko-biologické oborycs_CZ
thesis.degree.programSpecial Chemical and Biological Programmesen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMolekulární biologie a biochemie organismůcs_CZ
uk.degree-discipline.enMolecular Biology and Biochemistry of Organismsen_US
uk.degree-program.csSpeciální chemicko-biologické oborycs_CZ
uk.degree-program.enSpecial Chemical and Biological Programmesen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csNeustále napredovanie v oblasti analýzy génovej expresie umožňuje zaznamenať aj tie najmenšie zmeny, ktoré sa odohrávajú v transkriptóme bunky. Pre zaistenie správnosti pozorovanej biologickej odlišnosti, je dôležité byť si vedomý možných chýb, ktoré sú dôsledkom spracovania vzoriek. Vo výskume génovej expresie sú často metódy reverznej transkripcie−kvantitatívnej PCR (RT−qPCR) a RNA sekvenovania (RNA-Seq) prvotnou voľbou, najmä z dôvodu ich vysokej presnosti a reprodukovateľnosti. Nakoľko obe tieto metódy potrebujú DNA ako templát, často im predchádza krok reverznej transkripcie (RT), reakcie syntetizujúcej DNA komplementárnu k RNA vláknu. Je známe, že RT sa do určitej miery vyznačuje chybovosťou, čo je práve podnetom na jej podrobné preskúmanie. Zdrojom artefaktov môže byť samotná reverzná transkriptáza (RTase), ale bolo preukázané, že enzým nie je jediným zdrojom týchto chýb. Výber stratégie primingu alebo RNA templát samotný môžu ovplyvniť výsledok reakcie ešte vo väčšej miere. Najmä v spojitosti so súčasným pokrokom v proteínovom inžinierstve, produkujúcom vysoko efektívne reverzné transkriptázy, sa variácia spôsobená ostatnými komponentmi reakcie ešte viac dostáva do popredia. Táto práca sa zameriava na charakteristiku reverznej transkriptázy a faktorov ovplyvňujúcich reverznú transkripciu....cs_CZ
uk.abstract.enThe continuously advancing field of gene expression analysis enables the evaluation of even the slightest changes that occur in the cell transcriptome. In order to ensure accuracy of the observed biological variances, it is fundamentally important to be aware of the possible biases introduced during sample processing. In gene expression research, the methods of reverse transcription−quantitative PCR (RT−qPCR) and RNA- Sequencing (RNA-Seq) are often the primary choice, mostly because of their high precision and reproducibility. Since these both methods require DNA template, they are coupled with the same initial step - reverse transcription (RT), a reaction producing DNA complementary to its RNA template. It is well known that RT introduces bias. As a result, it is therefore of importance to thoroughly evaluate the effects of these biases. One such annotated source of artifacts is the reverse transcriptase (RTase) itself. However, it has been shown that the enzyme does not account for most of the variance alone. Surprisingly, choice of primers or RNA template may influence the reaction outcome even more than the bias introduced from the enzyme. This is especially the case with recent advances in protein engineering. Production of highly efficient RTases may pronounce the variation originating from...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.identifier.lisID990021903940106986


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV