Show simple item record

Struktura, aktivita a metabolismus lidské glutamátkarboxypeptidasy II
dc.creatorMlčochová, Petra
dc.date.accessioned2018-04-18T14:08:52Z
dc.date.available2018-04-18T14:08:52Z
dc.date.issued2008
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/95914
dc.description.abstractCONCLUSIONS AND PERSPECTIVES Recentry reported crystal sructures of GCpII provide stucturar insight into the organization of the substrate binding cavity and highlight residues implicated in substrate / inhibitor binding in the sI site of the enzyme. To comprement and extend the s[ucturar studies, we constructed a QMzMM model of GCPII in complex with its substrate, N-aceýt. aspartyl-glutamate, which enabled us to pÍedict additional anrino acid residues interacting with the bound subsrate. and used site-directed mutagenesis to assess the contribution of individual residues for substrate ,/ inhibitor binding and enzymatic activity of GCpII. we prepared and characterized 12 GcpJ' mutants targeting the amino acids in the vicinity of substrate./inhibitor binding pockets. The experimental results suggest that residues (especiaily Arg210) in the sť site are critical for substrate./inhibitor binding, whereas the residues forming the sl pocket niight be more important for the .fine-tuning, of GCptr substrate specificity and appear to be relevant for substrate turnover and may play a role in the enzyme's mechanism of action. Even though the QIVýMM calculations of the NAAG binding mode in the GCPII active site enabled us to predict the structure and enzyme-substrate interactions in the sl binding site, the complete...en_US
dc.description.abstractZAVER Nedávno publikované krystalové stÍuktuly GCPII poskytly náhled do organizace vazebné kapsy pro substrát a odhali|y něko|ik aminokyse|in, které se podílejína vazbě substrátu/inhibitoru vsl' místě enzymu. Abychom doplnili a rozšíři|istrukturní studie, vytvořili jsme QM/T\4M model GCPII v komplexu se substrátem, N.acetyl-aspartyl. glutamátem (NAAG). To nám umožnilo předpovědět dalšíaminokyseliny důleŽitépro vazbu substrátu. Využili jsme místně speciťrcké mutageneze. abychom odhalili vliv těchto jednotlivých aminokyselin na vazbu substÍátu/inhibitoru a na enzymovou aktivitu GCPII. Poěítačovýmodel komp|exu GCPIVNAAG společněs výsledky z místně specifické mutageneze, ukazuje žeaminokyse|iny v S1' místě (váaající glutarát) jsou nezbytné pro vysokou ďinitu substrátu nebo inhibitoru, zatímco, zbytky v s1 místě jsou více dťúežitépři přeměně substrátu a mohly by hrát nějakou roli v kata|ytickém mechanismu enzymu. Přestože QMA4M model nám umožni|předpovědět strukturu a interakce mezi substrátem a enzymem v Sl místě, komp|exní popis reakčníhomechanismu GCPII je zatím mimo rámec našich možností. V blízkébudoucnosti bychom se rádi dozvěděli víceinformací o katalytickém mechanismu GCPII. Chceme se zaměřit na Glu424' který je situovián v bezprostřední blízkosti zinkťr v aktivním místě a s největší pravděpodobností se...cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleStructure, activity and metabolism of human glutamate carboxypeptidase IIen_US
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2008
dcterms.dateAccepted2008-09-18
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId176573
dc.title.translatedStruktura, aktivita a metabolismus lidské glutamátkarboxypeptidasy IIcs_CZ
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csProspělcs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csZAVER Nedávno publikované krystalové stÍuktuly GCPII poskytly náhled do organizace vazebné kapsy pro substrát a odhali|y něko|ik aminokyse|in, které se podílejína vazbě substrátu/inhibitoru vsl' místě enzymu. Abychom doplnili a rozšíři|istrukturní studie, vytvořili jsme QM/T\4M model GCPII v komplexu se substrátem, N.acetyl-aspartyl. glutamátem (NAAG). To nám umožnilo předpovědět dalšíaminokyseliny důleŽitépro vazbu substrátu. Využili jsme místně speciťrcké mutageneze. abychom odhalili vliv těchto jednotlivých aminokyselin na vazbu substÍátu/inhibitoru a na enzymovou aktivitu GCPII. Poěítačovýmodel komp|exu GCPIVNAAG společněs výsledky z místně specifické mutageneze, ukazuje žeaminokyse|iny v S1' místě (váaající glutarát) jsou nezbytné pro vysokou ďinitu substrátu nebo inhibitoru, zatímco, zbytky v s1 místě jsou více dťúežitépři přeměně substrátu a mohly by hrát nějakou roli v kata|ytickém mechanismu enzymu. Přestože QMA4M model nám umožni|předpovědět strukturu a interakce mezi substrátem a enzymem v Sl místě, komp|exní popis reakčníhomechanismu GCPII je zatím mimo rámec našich možností. V blízkébudoucnosti bychom se rádi dozvěděli víceinformací o katalytickém mechanismu GCPII. Chceme se zaměřit na Glu424' který je situovián v bezprostřední blízkosti zinkťr v aktivním místě a s největší pravděpodobností se...cs_CZ
uk.abstract.enCONCLUSIONS AND PERSPECTIVES Recentry reported crystal sructures of GCpII provide stucturar insight into the organization of the substrate binding cavity and highlight residues implicated in substrate / inhibitor binding in the sI site of the enzyme. To comprement and extend the s[ucturar studies, we constructed a QMzMM model of GCPII in complex with its substrate, N-aceýt. aspartyl-glutamate, which enabled us to pÍedict additional anrino acid residues interacting with the bound subsrate. and used site-directed mutagenesis to assess the contribution of individual residues for substrate ,/ inhibitor binding and enzymatic activity of GCpII. we prepared and characterized 12 GcpJ' mutants targeting the amino acids in the vicinity of substrate./inhibitor binding pockets. The experimental results suggest that residues (especiaily Arg210) in the sť site are critical for substrate./inhibitor binding, whereas the residues forming the sl pocket niight be more important for the .fine-tuning, of GCptr substrate specificity and appear to be relevant for substrate turnover and may play a role in the enzyme's mechanism of action. Even though the QIVýMM calculations of the NAAG binding mode in the GCPII active site enabled us to predict the structure and enzyme-substrate interactions in the sl binding site, the complete...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV