Show simple item record

Oddelenie restrikčnej a translokačnej funkcie rastrikčne modifikačného enzyme Typu 1 EcoR1241
dc.contributor.advisorWeiserová, Marie
dc.creatorŠišáková, Eva
dc.date.accessioned2019-05-03T14:14:51Z
dc.date.available2019-05-03T14:14:51Z
dc.date.issued2009
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/93770
dc.description.abstractv vuuuerJ Type I restriďion-modificationenzymeEcoRl24I is a multifunctional,hetero.oligomeric enzyme complex that cleaves DNA after extensiveATP hydrolysis coupled to processive DNA translocation.ATP hydrolysis and DNA translocationare conferredby superfamily2 (SF2) helicase motifs in the central domain of its HsdR subunit.The N-terminal domain carries a conservedregion with catalytic residuesreminiscentof the PD-@/D)xK catalytic motif of Type II restrictionenzymes. Single amino acid substitutionsin the motifs II and III reducedor removedDNA cleavage activiý of the enzymecomplexwithoutďfecting an assemblyof the complex and its DNA- binding properties.Using a combinationof bulk solution and single-moleculeassays,we investigatedthe influence of these mutationson the DNA translocationpropertiesof the enzyme,conferredby the helicase domain. Reduced ATPase activiý of the mutantswas detectedby steady-statestopped flow measurementswith the use of phosphate-binding protein.These results do not show a clear relationshipbetweenthe translocationratesand ATPase rates.Probably the broaderand bimodal distributionof hanslocationratesand the stalling eventsduring initiation revealedin single molecule experimentsall lead to a lower apparentATPase rates.We suggestanexistenceof possibleinterdomďninteractionsbetween the...en_US
dc.description.abstract4 Lívery l. Miestne cielenou mutagerÉzousme pripravili kolekciu Ínutantovsjednou substitrlciou konzervovanýchaminokyselinových zvyškov v motívochII a III v N.ÍerminálnejónÉne podjednotkyHsdRenzymuEcoRl24I:Dl5lA, El65A, El65D, EI65IIadK167A. r Pozitívnym a negativnym komplementďným tostonrilr ylvo sme zistili' Že všet$ mutantyprejavili fenoýp ťď. r Test restrikcie DNA ',?vjrro potvrdil výsledky in vivo testov,Že Žiadnyz mutantov nebolschopníštiepiťplazmidovúDNA nalineá'muforrnu. r TestviizbovostiDNA (EMSA) neodhalilžiadnevýznamrÉrozďely medzidivolcým a mutantnýmienzýmamiv schopnostiviazaťDNA. r Metóda na meranieATPázovej aktivity,zaloŽeruínapoužitíproteínuviaŽúcehgfosfáL ukázalu Že substituciev motíveII a Itr u váčšinymutantovspÓsobila virc než2. nrásobnúredukciu hydrolýzy ATP. Mutant Kl67A bol jeďný' ktoý prejavil aktivifu porovnatelhús divolcýmenzýmom. r Translokačnýprocesbol analyzovanýdisociácioutriplexu na stopped.fbw fluorimetri a pornocoumagnetickejpinzeý. obe techniky ukázali zntženétranslokďnérýchloati mutantov,rozdiely medzi mutantamia divohým enzýmom boli ešteýraznejšie pri merani na magrretickej pinzete. Pozorovali sme takztiez zmenerrú procesivih1iniciáciua bimoďílnudistribúciuRl ýchlostí. 2. Aminokyselinovézvyšlry Q a Y v motíveQxxxY podjednotkyHsdR boli substituované...cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleUncoupling of DNA restriction and DNA translocation functions of the Type I restriction modification enzyme EcoR124Ien_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2009
dcterms.dateAccepted2009-04-20
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId112716
dc.title.translatedOddelenie restrikčnej a translokačnej funkcie rastrikčne modifikačného enzyme Typu 1 EcoR1241cs_CZ
dc.contributor.refereeJaneček, Jiří
dc.contributor.refereeJanščák, Pavel
dc.identifier.aleph001227050
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMolekulární a buněčná biologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineMolecular and Cell Biologyen_US
thesis.degree.programMolekulární a buněčná biologiecs_CZ
thesis.degree.programMolecular and Cell Biologyen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMolekulární a buněčná biologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMolecular and Cell Biologyen_US
uk.degree-program.csMolekulární a buněčná biologiecs_CZ
uk.degree-program.enMolecular and Cell Biologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.cs4 Lívery l. Miestne cielenou mutagerÉzousme pripravili kolekciu Ínutantovsjednou substitrlciou konzervovanýchaminokyselinových zvyškov v motívochII a III v N.ÍerminálnejónÉne podjednotkyHsdRenzymuEcoRl24I:Dl5lA, El65A, El65D, EI65IIadK167A. r Pozitívnym a negativnym komplementďným tostonrilr ylvo sme zistili' Že všet$ mutantyprejavili fenoýp ťď. r Test restrikcie DNA ',?vjrro potvrdil výsledky in vivo testov,Že Žiadnyz mutantov nebolschopníštiepiťplazmidovúDNA nalineá'muforrnu. r TestviizbovostiDNA (EMSA) neodhalilžiadnevýznamrÉrozďely medzidivolcým a mutantnýmienzýmamiv schopnostiviazaťDNA. r Metóda na meranieATPázovej aktivity,zaloŽeruínapoužitíproteínuviaŽúcehgfosfáL ukázalu Že substituciev motíveII a Itr u váčšinymutantovspÓsobila virc než2. nrásobnúredukciu hydrolýzy ATP. Mutant Kl67A bol jeďný' ktoý prejavil aktivifu porovnatelhús divolcýmenzýmom. r Translokačnýprocesbol analyzovanýdisociácioutriplexu na stopped.fbw fluorimetri a pornocoumagnetickejpinzeý. obe techniky ukázali zntženétranslokďnérýchloati mutantov,rozdiely medzi mutantamia divohým enzýmom boli ešteýraznejšie pri merani na magrretickej pinzete. Pozorovali sme takztiez zmenerrú procesivih1iniciáciua bimoďílnudistribúciuRl ýchlostí. 2. Aminokyselinovézvyšlry Q a Y v motíveQxxxY podjednotkyHsdR boli substituované...cs_CZ
uk.abstract.env vuuuerJ Type I restriďion-modificationenzymeEcoRl24I is a multifunctional,hetero.oligomeric enzyme complex that cleaves DNA after extensiveATP hydrolysis coupled to processive DNA translocation.ATP hydrolysis and DNA translocationare conferredby superfamily2 (SF2) helicase motifs in the central domain of its HsdR subunit.The N-terminal domain carries a conservedregion with catalytic residuesreminiscentof the PD-@/D)xK catalytic motif of Type II restrictionenzymes. Single amino acid substitutionsin the motifs II and III reducedor removedDNA cleavage activiý of the enzymecomplexwithoutďfecting an assemblyof the complex and its DNA- binding properties.Using a combinationof bulk solution and single-moleculeassays,we investigatedthe influence of these mutationson the DNA translocationpropertiesof the enzyme,conferredby the helicase domain. Reduced ATPase activiý of the mutantswas detectedby steady-statestopped flow measurementswith the use of phosphate-binding protein.These results do not show a clear relationshipbetweenthe translocationratesand ATPase rates.Probably the broaderand bimodal distributionof hanslocationratesand the stalling eventsduring initiation revealedin single molecule experimentsall lead to a lower apparentATPase rates.We suggestanexistenceof possibleinterdomďninteractionsbetween the...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV