dc.contributor.advisor | Vondrášek, Jiří | |
dc.creator | Jurásková, Veronika | |
dc.date.accessioned | 2017-09-28T09:51:48Z | |
dc.date.available | 2017-09-28T09:51:48Z | |
dc.date.issued | 2017 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/90520 | |
dc.description.abstract | Title: Influence of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins Author: Ing. Veronika Jurásková Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry Supervisor: RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Consultant: Mgr. Jiří Vymětal, PhD. Abstract: The aim of the thesis was to study the effect of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins. I focused on three amino acids which are phos- phorylated the most - serine, threonine and tyrosine. I studied the conformational changes upon phosphorylation in dipeptides and pentapeptides by the metadynamics technique. I found out that the phosphorylation of amino acid residues led to the conformational changes characteristic for each amino acid. Whereas the phosphoryla- tion of serine increased the preference of right-handed alpha helix conformation, the phosphorylation of threonine led to the extended structure and the conformation of tyrosine was not influenced by phosphorylation at all. Using classical molecular dy- namics, I also studied the conformational changes in longer peptides derived from the phosphorylation sites of disordered proteins. Moreover, I simulated phosphorylated and unphosphorylated variants of three proteins with a known structure from the RCSB PDB database. I compared the calculated results with available... | en_US |
dc.description.abstract | Název: Vliv fosforylace na konformaci peptidů a proteinů Autor: Ing. Veronika Jurásková Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Vedoucí práce: RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Konzultant: Mgr. Jiří Vymětal, PhD. Abstrakt: V předkládané práci jsem se zabývala studiem vlivu fosforylace na konfor- maci peptidů a proteinů. Zaměřila jsem se na tři nejčastěji fosforylované aminokyseliny - serin, threonin a tyrosin. Pomocí metadynamiky jsem studovala změnu konformace vlivem fosforylace u jednoduchých dipeptidů a také složitějších pentapeptidů. Zjistila jsem, že fosforylace jednotlivých aminokyselin vede ke strukturním změnám, které jsou charakteristické pro každou aminokyselinu. Zatímco fosforylace serinu zvyšuje prefer- enci pravotočivého alfa helixu, fosforylace threoninu vede k extendované struktuře a konformace tyrosinu není fosforylací ovlivněna. Dále jsem studovala změnu konformace serinu v delších peptidech získaných z fosforylačních míst nestrukturovaných proteinů pomocí klasické dynamiky. Pokusila jsem simulovat také fosforylované a nefosforylo- vané varianty proteinů se známou strukturou publikovanou v RCSB PDB databázi. Získané výsledky jsem poté porovnávala s dostupnými výpočetními a experimentál- ními daty. Klíčová slova: fosforylace, dipeptidy, pentapeptidy, metadynamika, molekulová dy-... | cs_CZ |
dc.language | English | cs_CZ |
dc.language.iso | en_US | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.title | Influence of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins | en_US |
dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2017 | |
dcterms.dateAccepted | 2017-09-06 | |
dc.description.department | Department of Physical and Macromolecular Chemistry | en_US |
dc.description.department | Katedra fyzikální a makromol. chemie | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.identifier.repId | 173485 | |
dc.title.translated | Vliv fosforylace na konformaci peptidů a proteinů | cs_CZ |
dc.contributor.referee | Berka, Karel | |
thesis.degree.name | Mgr. | |
thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
thesis.degree.discipline | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
thesis.degree.program | Chemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Chemistry | en_US |
uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra fyzikální a makromol. chemie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Physical and Macromolecular Chemistry | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Modelování chemických vlastností nano- a biostruktur | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Modeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructures | en_US |
uk.degree-program.cs | Chemie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Chemistry | en_US |
thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
thesis.grade.en | Excellent | en_US |
uk.abstract.cs | Název: Vliv fosforylace na konformaci peptidů a proteinů Autor: Ing. Veronika Jurásková Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Vedoucí práce: RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Konzultant: Mgr. Jiří Vymětal, PhD. Abstrakt: V předkládané práci jsem se zabývala studiem vlivu fosforylace na konfor- maci peptidů a proteinů. Zaměřila jsem se na tři nejčastěji fosforylované aminokyseliny - serin, threonin a tyrosin. Pomocí metadynamiky jsem studovala změnu konformace vlivem fosforylace u jednoduchých dipeptidů a také složitějších pentapeptidů. Zjistila jsem, že fosforylace jednotlivých aminokyselin vede ke strukturním změnám, které jsou charakteristické pro každou aminokyselinu. Zatímco fosforylace serinu zvyšuje prefer- enci pravotočivého alfa helixu, fosforylace threoninu vede k extendované struktuře a konformace tyrosinu není fosforylací ovlivněna. Dále jsem studovala změnu konformace serinu v delších peptidech získaných z fosforylačních míst nestrukturovaných proteinů pomocí klasické dynamiky. Pokusila jsem simulovat také fosforylované a nefosforylo- vané varianty proteinů se známou strukturou publikovanou v RCSB PDB databázi. Získané výsledky jsem poté porovnávala s dostupnými výpočetními a experimentál- ními daty. Klíčová slova: fosforylace, dipeptidy, pentapeptidy, metadynamika, molekulová dy-... | cs_CZ |
uk.abstract.en | Title: Influence of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins Author: Ing. Veronika Jurásková Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry Supervisor: RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Consultant: Mgr. Jiří Vymětal, PhD. Abstract: The aim of the thesis was to study the effect of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins. I focused on three amino acids which are phos- phorylated the most - serine, threonine and tyrosine. I studied the conformational changes upon phosphorylation in dipeptides and pentapeptides by the metadynamics technique. I found out that the phosphorylation of amino acid residues led to the conformational changes characteristic for each amino acid. Whereas the phosphoryla- tion of serine increased the preference of right-handed alpha helix conformation, the phosphorylation of threonine led to the extended structure and the conformation of tyrosine was not influenced by phosphorylation at all. Using classical molecular dy- namics, I also studied the conformational changes in longer peptides derived from the phosphorylation sites of disordered proteins. Moreover, I simulated phosphorylated and unphosphorylated variants of three proteins with a known structure from the RCSB PDB database. I compared the calculated results with available... | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.publication.place | Praha | cs_CZ |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra fyzikální a makromol. chemie | cs_CZ |