Show simple item record

Methods of murine brain 3D imaging focusing on tissue clearing
dc.contributor.advisorDrbal, Karel
dc.creatorNovák, Jaromír
dc.date.accessioned2019-05-03T17:59:00Z
dc.date.available2019-05-03T17:59:00Z
dc.date.issued2017
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/85388
dc.description.abstract1 ABSTRACT Many variants of microscopic techniques are the key methods for tissue structure examination in the research as well as in clinical practice. Since the vast majority of examined tissues are intrinsically opaque, it is difficult to reconstruct their 3D structure with light microscopy. However the spatial structure is inherently connected to the function of cells, tissues or whole organs. The most common approach is sample sectioning to the thin layers, which are subsequently examined or used for 3D structure reconstruction of the sample. A different approach is to use a series of chemical reagents able to clear the samples and make them accessible for imaging via microscopy without the need for physical sectioning. Although this approach was first used more than a century ago, the widespread use of these methods came in the last few years. Since the resurgence of tissue clearing method a lot of new principles how to clear the samples were discovered as well as many new chemical compounds can be used for this purpose.. Clearing methods are becoming more and more sophisticated: the volume of samples which can be cleared is continuously growing, new methods are becoming faster and automated, the quality of after-cleared tissues is improving and compatibility with many stains including antibodies is...en_US
dc.description.abstract1 ABSTRAKT Mikroskopické techniky jsou stěžejními metodami pro zkoumání tkání jak ve výzkumu, tak v klinické praxi. Vzhledem k tomu, že většina tkání je v silnějších vrstvách neprůhledné, je nesnadné přímo zkoumat jejich trojrozměrnou strukturu světelnou mikroskopií. Ta je však vnitřně spjatá s biologickými funkcemi buněk a jimi tvořených tkání a orgánů. Nejčastějším způsobem zkoumání je rozřezání vzorků na tenké plátky, jejich nasnímání a následná digitální rekonstrukce trojrozměrné struktury. Jinou možností je projasnění celých vzorků pomocí postupného ošetření sérií činidel. Tím je umožněno zobrazovat je vcelku, bez potřeby jejich fyzického řezání. Přesto, že tato technika byla využita už před více než stoletím, její výraznější rozvoj nastal až v posledních několika letech. Došlo tak k objevu množství vhodných látek a několika nových principů jimiž lze projasnění vzorku dosáhnout. Metodiky se rozvíjí směrem k projasňování čím dál větších objemů, automatizaci celého procesu, lepšímu zachování co nejpřirozenějšího stavu tkáně a k co největší kompatibilitě s různými druhy značení, zvláště pak s barvením pomocí protilátek a fluorescenčních barviv. Rozvoj projasňovacích metodik jde ruku v ruce s novými technikami na poli fluorescenční mikroskopie, jako je například SPIM ("single plane illumination...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subject3D modely mozkucs_CZ
dc.subjectzobrazování neuronů a imunitních buněkcs_CZ
dc.subjecttechniky projasnění vzorkucs_CZ
dc.subjectmikroskopické technikycs_CZ
dc.subjectkonfokálnícs_CZ
dc.subject"lightsheet"cs_CZ
dc.subject"spinning"-diskcs_CZ
dc.subjectMRIcs_CZ
dc.subjectEMcs_CZ
dc.subject3D brain modelsen_US
dc.subjectneuronen_US
dc.subjectimmune cell imagingen_US
dc.subjectsample clearing techniquesen_US
dc.subjectmicroscopy techniquesen_US
dc.subjectconfocalen_US
dc.subjectlightsheeten_US
dc.subjectspinning-discen_US
dc.subjectMRIen_US
dc.subjectEMen_US
dc.title3D zobrazovací metody myšího mozku se zaměřením na projasnění tkáněcs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2017
dcterms.dateAccepted2017-06-02
dc.description.departmentDepartment of Cell Biologyen_US
dc.description.departmentKatedra buněčné biologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId180121
dc.title.translatedMethods of murine brain 3D imaging focusing on tissue clearingen_US
dc.contributor.refereeNěmec, Pavel
dc.identifier.aleph002142148
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Cell Biologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.cs1 ABSTRAKT Mikroskopické techniky jsou stěžejními metodami pro zkoumání tkání jak ve výzkumu, tak v klinické praxi. Vzhledem k tomu, že většina tkání je v silnějších vrstvách neprůhledné, je nesnadné přímo zkoumat jejich trojrozměrnou strukturu světelnou mikroskopií. Ta je však vnitřně spjatá s biologickými funkcemi buněk a jimi tvořených tkání a orgánů. Nejčastějším způsobem zkoumání je rozřezání vzorků na tenké plátky, jejich nasnímání a následná digitální rekonstrukce trojrozměrné struktury. Jinou možností je projasnění celých vzorků pomocí postupného ošetření sérií činidel. Tím je umožněno zobrazovat je vcelku, bez potřeby jejich fyzického řezání. Přesto, že tato technika byla využita už před více než stoletím, její výraznější rozvoj nastal až v posledních několika letech. Došlo tak k objevu množství vhodných látek a několika nových principů jimiž lze projasnění vzorku dosáhnout. Metodiky se rozvíjí směrem k projasňování čím dál větších objemů, automatizaci celého procesu, lepšímu zachování co nejpřirozenějšího stavu tkáně a k co největší kompatibilitě s různými druhy značení, zvláště pak s barvením pomocí protilátek a fluorescenčních barviv. Rozvoj projasňovacích metodik jde ruku v ruce s novými technikami na poli fluorescenční mikroskopie, jako je například SPIM ("single plane illumination...cs_CZ
uk.abstract.en1 ABSTRACT Many variants of microscopic techniques are the key methods for tissue structure examination in the research as well as in clinical practice. Since the vast majority of examined tissues are intrinsically opaque, it is difficult to reconstruct their 3D structure with light microscopy. However the spatial structure is inherently connected to the function of cells, tissues or whole organs. The most common approach is sample sectioning to the thin layers, which are subsequently examined or used for 3D structure reconstruction of the sample. A different approach is to use a series of chemical reagents able to clear the samples and make them accessible for imaging via microscopy without the need for physical sectioning. Although this approach was first used more than a century ago, the widespread use of these methods came in the last few years. Since the resurgence of tissue clearing method a lot of new principles how to clear the samples were discovered as well as many new chemical compounds can be used for this purpose.. Clearing methods are becoming more and more sophisticated: the volume of samples which can be cleared is continuously growing, new methods are becoming faster and automated, the quality of after-cleared tissues is improving and compatibility with many stains including antibodies is...en_US
uk.file-availabilityN
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologiecs_CZ
thesis.grade.code1


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV