Zobrazit minimální záznam

RNA secondary structure visualization using existing structures
Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur
dc.contributor.advisorHoksza, David
dc.creatorEliáš, Richard
dc.date.accessioned2017-06-02T12:56:05Z
dc.date.available2017-06-02T12:56:05Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/84549
dc.description.abstractMolekula RNA sa stáva predmetom mnohých štúdií, vďaka čomu rastie dopyt po nástrojoch pomáhajúcich pri jej analýze. Prvým krokom je často rozbor obrázka jej sekundárnej štruktúry. Aby sme molekulu rozvrhli čo najlepšie, potrebujeme poznať kritéria, ktoré by malo nakreslenie spĺňať. Tie nie sú formalizované a sú skôr intuitívne. Tento nedostatok riešime návrhom nového algoritmu, ktorý vizualizuje sekundárnu štruktúru pomocou už existujúcej vzorového obrázka. RNA prevedieme do stromovej reprezentácie, algoritmom tree-edit-distance minimálny počet operácií, ktoré nám prevedú jeden strom na druhý. Preto motívy spoločné pre obidva štruktúry ostanú nedotknuté a tie zvyšné dokreslíme. Výsledky ukazujú, že náš algoritmus je schopný vizualizovať aj relatívne vzdialené štruktúry. Využitie nájde najmä pri vizualizácií homologických štruktúr. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)cs_CZ
dc.description.abstractMany research aim to RNA molecules and demand for tools enabling their analysis increased. First step is visual inspection of their secondary structure. In order to correctly lay out structure, the notion of optimal layout is required. However, this has never been formalized and is largely habitual. To tackle this problem we propose an algorithm capable of visualizing RNA structure using related one with known layout. Algorithm first converts both RNAs into a tree representation and using tree-edit-distance algorithm finds out the minimum number of operations to convert one structure into the other. All common motives are retained and the regions which differ are taken care of. Results show, that our algorithm is able to give good layouts even for relatively distant structures. It is well suited for visualization of homologous structures. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)en_US
dc.languageSlovenčinacs_CZ
dc.language.isosk_SK
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectRNAcs_CZ
dc.subjectsekundárna štruktúracs_CZ
dc.subjectvizualizáciacs_CZ
dc.subjectkonzervovanosťcs_CZ
dc.subjectRNAen_US
dc.subjectsecondary structureen_US
dc.subjectvisualizationen_US
dc.subjectconservationen_US
dc.titleVizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktursk_SK
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-09-08
dc.description.departmentDepartment of Software Engineeringen_US
dc.description.departmentKatedra softwarového inženýrstvícs_CZ
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId155358
dc.title.translatedRNA secondary structure visualization using existing structuresen_US
dc.title.translatedVizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících strukturcs_CZ
dc.contributor.refereeJelínek, Jan
dc.identifier.aleph002102530
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineObecná informatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineGeneral Computer Scienceen_US
thesis.degree.programInformatikacs_CZ
thesis.degree.programComputer Scienceen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Software Engineeringen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csObecná informatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enGeneral Computer Scienceen_US
uk.degree-program.csInformatikacs_CZ
uk.degree-program.enComputer Scienceen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csMolekula RNA sa stáva predmetom mnohých štúdií, vďaka čomu rastie dopyt po nástrojoch pomáhajúcich pri jej analýze. Prvým krokom je často rozbor obrázka jej sekundárnej štruktúry. Aby sme molekulu rozvrhli čo najlepšie, potrebujeme poznať kritéria, ktoré by malo nakreslenie spĺňať. Tie nie sú formalizované a sú skôr intuitívne. Tento nedostatok riešime návrhom nového algoritmu, ktorý vizualizuje sekundárnu štruktúru pomocou už existujúcej vzorového obrázka. RNA prevedieme do stromovej reprezentácie, algoritmom tree-edit-distance minimálny počet operácií, ktoré nám prevedú jeden strom na druhý. Preto motívy spoločné pre obidva štruktúry ostanú nedotknuté a tie zvyšné dokreslíme. Výsledky ukazujú, že náš algoritmus je schopný vizualizovať aj relatívne vzdialené štruktúry. Využitie nájde najmä pri vizualizácií homologických štruktúr. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)cs_CZ
uk.abstract.enMany research aim to RNA molecules and demand for tools enabling their analysis increased. First step is visual inspection of their secondary structure. In order to correctly lay out structure, the notion of optimal layout is required. However, this has never been formalized and is largely habitual. To tackle this problem we propose an algorithm capable of visualizing RNA structure using related one with known layout. Algorithm first converts both RNAs into a tree representation and using tree-edit-distance algorithm finds out the minimum number of operations to convert one structure into the other. All common motives are retained and the regions which differ are taken care of. Results show, that our algorithm is able to give good layouts even for relatively distant structures. It is well suited for visualization of homologous structures. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra softwarového inženýrstvícs_CZ
dc.identifier.lisID990021025300106986


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV