Show simple item record

Determination of methylation in the promotor regions of genes, that control metabolism of 5-FU
dc.contributor.advisorVodička, Pavel
dc.creatorBendová, Petra
dc.date.accessioned2017-06-02T11:20:24Z
dc.date.available2017-06-02T11:20:24Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/84106
dc.description.abstractCytostatikum 5-fluorouracil (5-FU) se používá při léčbě řady nádorových onemocnění, zejména nádoru tlustého střeva a konečníku, pankreatu, prsu nebo vaječníků. 5-FU se v lidském organismu přeměňuje na aktivní metabolity, které poškozují cílové buňky a následně způsobují jejich apoptózu. Hlavním cílem diplomové práce bylo stanovení hladin metylací v promotorových oblastech 14 kandidátních genů podílejících se na metabolismu 5-FU: TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, UPP2, SLC29A1, UPB1, DPYS a DPYD. Předpokládáme, že metylace v promotorových oblastech reguluje mRNA transkricpi uvedených genů. Byla provedena analýza uvedených parametrů u 128 pacientů, kterým byla odebrána nádorová tkáň společně s tkání nenádorovou. Práce zahrnuje izolaci DNA z nádorové i nenádorové tkáně, bisulfitickou přeměnu nemetylovaných cytosínů na uracily, metylačně specifickou analýzu křivek tání s vysokým rozlišením pro vlastní analýzu metylací a gelovou elektroforézu pro separaci PCR produktů. U většiny studovaných genů, tj. TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, SLC29A1 a DPYD jsme nedetekovali žádnou metylaci promotorových oblastí. U studovaných genů DPYS, UPB1 a UPP2 jsme pak nalezli metylace v promotorových oblastech různých hodnot. Statisticky významný rozdíl mezi tumorem a přilehlou...cs_CZ
dc.description.abstractSeveral malignant diseases, such as colorectal, pancreatic, breast or ovarial cancers, are primarily treated with cytostatics 5-fluorouracil (5-FU). 5-FU undergoes biotransformation in human body and arising metabolites induce the damage and subsequent apoptosis in the target cells. The main aim of this diploma Thesis was the determination of methylation in promoter regions of 14 candidate genes participating on 5-FU biotransformation: TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, UPP 2 SLC29A1, UPB1, DPYS and DPYD. We hypothesize that the methylation in promoter regions regulates mRNA transcription of the above candidate genes. We have conducted appropriate analyses in 128 colorectal cancer patients, for whom both tumor and nonmalignant adjacent tissues were available. Sample processing and analysis involved DNA isolation, bisulfite conversion of unmethylated cytosines to corresponding uracils, methylation-specific analysis of melting curves with high resolution for theproper methylation analysis and gel electrophoresis to separate PCR products. For the majority of the studied genes (TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, SLC29A1 and DPYD) we did not detect any aberrant methylation in promoter regions. In genes DPYS, UPB1 and UPP2 we recorded various degree of promoter...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectKolorektální karcinomcs_CZ
dc.subject5-fluorouracilcs_CZ
dc.subjectCpG metylacecs_CZ
dc.subjectfolátový metabolismuscs_CZ
dc.subjectMS-HRM analýzacs_CZ
dc.subjectprognóza onemocněnícs_CZ
dc.subjectColorectal canceren_US
dc.subject5-fluorouracilen_US
dc.subjectCpG island methylationen_US
dc.subjectfolate metabolismen_US
dc.subjectMethylation Specific-High Resolution Melting analysisen_US
dc.subjectprognosis of the diseaseen_US
dc.titleStanovování metylací v promotorových oblastech genů řídících metabolismus 5 - fluorouracilu.cs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-09-11
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId131144
dc.title.translatedDetermination of methylation in the promotor regions of genes, that control metabolism of 5-FUen_US
dc.contributor.refereeVáclavíková, Radka
dc.identifier.aleph002029040
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csCytostatikum 5-fluorouracil (5-FU) se používá při léčbě řady nádorových onemocnění, zejména nádoru tlustého střeva a konečníku, pankreatu, prsu nebo vaječníků. 5-FU se v lidském organismu přeměňuje na aktivní metabolity, které poškozují cílové buňky a následně způsobují jejich apoptózu. Hlavním cílem diplomové práce bylo stanovení hladin metylací v promotorových oblastech 14 kandidátních genů podílejících se na metabolismu 5-FU: TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, UPP2, SLC29A1, UPB1, DPYS a DPYD. Předpokládáme, že metylace v promotorových oblastech reguluje mRNA transkricpi uvedených genů. Byla provedena analýza uvedených parametrů u 128 pacientů, kterým byla odebrána nádorová tkáň společně s tkání nenádorovou. Práce zahrnuje izolaci DNA z nádorové i nenádorové tkáně, bisulfitickou přeměnu nemetylovaných cytosínů na uracily, metylačně specifickou analýzu křivek tání s vysokým rozlišením pro vlastní analýzu metylací a gelovou elektroforézu pro separaci PCR produktů. U většiny studovaných genů, tj. TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, SLC29A1 a DPYD jsme nedetekovali žádnou metylaci promotorových oblastí. U studovaných genů DPYS, UPB1 a UPP2 jsme pak nalezli metylace v promotorových oblastech různých hodnot. Statisticky významný rozdíl mezi tumorem a přilehlou...cs_CZ
uk.abstract.enSeveral malignant diseases, such as colorectal, pancreatic, breast or ovarial cancers, are primarily treated with cytostatics 5-fluorouracil (5-FU). 5-FU undergoes biotransformation in human body and arising metabolites induce the damage and subsequent apoptosis in the target cells. The main aim of this diploma Thesis was the determination of methylation in promoter regions of 14 candidate genes participating on 5-FU biotransformation: TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, UPP 2 SLC29A1, UPB1, DPYS and DPYD. We hypothesize that the methylation in promoter regions regulates mRNA transcription of the above candidate genes. We have conducted appropriate analyses in 128 colorectal cancer patients, for whom both tumor and nonmalignant adjacent tissues were available. Sample processing and analysis involved DNA isolation, bisulfite conversion of unmethylated cytosines to corresponding uracils, methylation-specific analysis of melting curves with high resolution for theproper methylation analysis and gel electrophoresis to separate PCR products. For the majority of the studied genes (TK1, PPAT, RRM1, RRM2, UCK2, UCK1, UMPS, TYMP, UPP1, SLC29A1 and DPYD) we did not detect any aberrant methylation in promoter regions. In genes DPYS, UPB1 and UPP2 we recorded various degree of promoter...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.identifier.lisID990020290400106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV