Show simple item record

Application of next-generation sequencing for phylogenetic reconstruction of polyploid plants
dc.contributor.advisorFér, Tomáš
dc.creatorSkopalíková, Jana
dc.date.accessioned2017-06-02T08:28:57Z
dc.date.available2017-06-02T08:28:57Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/83401
dc.description.abstractTato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.cs_CZ
dc.description.abstractThis bachelor thesis summarizes available information about currently used next- generation sequencing (NGS) methods where a big progress was achieved during last few years. Great advantage of NGS is the ability to gain huge amount of data at much lower cost per base compared to the Sanger sequencing. However, there are various pitfalls in data analysis. Nowadays it is possible to sequence the entire genomes of individuals. Nevertheless, this approach remains challenging when studying many individuals, e.g. in phylogenetics. Recently, several approaches for effective reduction of genome complexity arose: transcriptome sequencing (RNA-Seq), target enrichment, restriction digest-based methods (RAD-Seq, RLL, GBS), genome skimming (shallow sequencing), etc. Each method has both advantages and disadvantages that affect its utility in phylogenetics. Furthermore, the thesis deals with polyploid speciation and particularity of phylogenetics in polyploid plants - selection of suitable markers followed by data processing and phylogenetic analyzes. The last part of the thesis is devoted to my future research of polyploid genus Curcuma L.en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subject454 pyrosekvenovánícs_CZ
dc.subjectIlluminacs_CZ
dc.subjectPacBiocs_CZ
dc.subjectRAD-Seqcs_CZ
dc.subjectHyb-Seqcs_CZ
dc.subjectRNA-Seqcs_CZ
dc.subjectpolyploidiecs_CZ
dc.subjecthybridizacecs_CZ
dc.subject454 pyrosequencingen_US
dc.subjectIlluminaen_US
dc.subjectPacBioen_US
dc.subjectRAD-Seqen_US
dc.subjectHyb-Seqen_US
dc.subjectRNA-Seqen_US
dc.subjectpolyploidyen_US
dc.subjecthybridizationen_US
dc.titleVyužití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlincs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-09-10
dc.description.departmentDepartment of Botanyen_US
dc.description.departmentKatedra botanikycs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId159960
dc.title.translatedApplication of next-generation sequencing for phylogenetic reconstruction of polyploid plantsen_US
dc.contributor.refereeŠrámková, Gabriela
dc.identifier.aleph002027764
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMolekulární biologie a biochemie organismůcs_CZ
thesis.degree.disciplineMolecular Biology and Biochemistry of Organismsen_US
thesis.degree.programSpeciální chemicko-biologické oborycs_CZ
thesis.degree.programSpecial Chemical and Biological Programmesen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMolekulární biologie a biochemie organismůcs_CZ
uk.degree-discipline.enMolecular Biology and Biochemistry of Organismsen_US
uk.degree-program.csSpeciální chemicko-biologické oborycs_CZ
uk.degree-program.enSpecial Chemical and Biological Programmesen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csTato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.cs_CZ
uk.abstract.enThis bachelor thesis summarizes available information about currently used next- generation sequencing (NGS) methods where a big progress was achieved during last few years. Great advantage of NGS is the ability to gain huge amount of data at much lower cost per base compared to the Sanger sequencing. However, there are various pitfalls in data analysis. Nowadays it is possible to sequence the entire genomes of individuals. Nevertheless, this approach remains challenging when studying many individuals, e.g. in phylogenetics. Recently, several approaches for effective reduction of genome complexity arose: transcriptome sequencing (RNA-Seq), target enrichment, restriction digest-based methods (RAD-Seq, RLL, GBS), genome skimming (shallow sequencing), etc. Each method has both advantages and disadvantages that affect its utility in phylogenetics. Furthermore, the thesis deals with polyploid speciation and particularity of phylogenetics in polyploid plants - selection of suitable markers followed by data processing and phylogenetic analyzes. The last part of the thesis is devoted to my future research of polyploid genus Curcuma L.en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra botanikycs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 3-5, 116 36 Praha; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV