Show simple item record

Linguistic -like approaches in geomics and linguistic metaphor in biology
dc.contributor.advisorFlegr, Jaroslav
dc.creatorNohejlová Zemková, Michaela
dc.date.accessioned2019-05-03T17:39:43Z
dc.date.available2019-05-03T17:39:43Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/82446
dc.description.abstractIn this work we present articles which are connected by the topic of linguistic-like approaches in genomics, which allow to treat genetic sequences as a "text" containing potential "words" (oligonukleotides, oligopeptides) of length n. Such an approach stands on the border of quantitative and qualitative analysis and, contrary to standard comparative bioinformatics methods, it is possible to compare phylogenetically distant individuals. Central article of my work (Zemková et al., 201..) is an analysis of peptide vocabularies of parasites and free-living organisms which showed significant differences in diversity of 4-6 amino acids long peptides of these compared groups. Parasites generally display reduction of pentapeptides, which is partly compensated by increased diversity of hexapeptides. This result is in accordance with our a priori hypothesis that parasites use immune evasion strategy to escape from MHC-based immunity system of its vertebrate host. Results also suggest that the length of key region for peptide recognition is about 4-5 amino acids and hence only short part of longer peptide bound in MHC participate on reaction with T-receptor. In other two articles which arose as a product of cooperation with Prof Trifonov from the University of Haifa, we again used an analysis of genomic...en_US
dc.description.abstractV předložené práci jsou představeny články, jejichž spojujícím tématem jsou tzv. lingvistické přístupy v genomice, které umožňují genetické sekvence zkoumat jako "text" obsahující potenciální "slova" (oligonukleotidy, oligopeptidy) délky n. Tento přístup stojí na pomezí kvantitativní a kvalitativní analýzy a, na rozdíl od standardních komparativních metod užívaných v bioinformatice, umožňuje porovnání i fylogeneticky vzdálených jedinců. Stěžejním článkem práce (Zemková et al., 2016.) je analýza peptidických slovníků parazitů a volně žijících organismů, která odhalila signifikantní rozdíly v diverzitě peptidů o délkách 4-6 aminokyselin u těchto porovnávaných skupin. Parazité obecně vykazují redukci pentapeptidů, která je částečně kompenzována zvýšenou diverzitou hexapeptidů. Tento výsledek je v souladu s námi postulovanou hypotézou, že parazité se snaží uniknout před imunitním systémem obratlovčího hostitele založeného na MHC imunitním rozpoznávání. Výsledek rovněž ukazuje, že klíčovou oblastí pro rozpoznání antigenu jsou peptidy o délce 4-5 aminokyselin a do reakce s T-receptorem tedy nevstupuje celý peptidový řetězec vázaný na MHC. V dalších dvou článcích, které vzešly jako produkt spolupráce s Prof. E.N. Trifonovem z university v Haifě, je opět užita analýza slovníku. V prvním článku (Zemková et...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleLingvisticke přístupy v genomice a lingvistická metafora v biologiics_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-09-14
dc.description.departmentDepartment of Philosophy and History of Scienceen_US
dc.description.departmentKatedra filosofie a dějin přírodních vědcs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId113288
dc.title.translatedLinguistic -like approaches in geomics and linguistic metaphor in biologyen_US
dc.contributor.refereeFaltýnek, Dan
dc.contributor.refereeKejnovský, Eduard
dc.identifier.aleph002103898
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programTeoretická a evoluční biologiecs_CZ
thesis.degree.programTeoretical and evolutionary biologyen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra filosofie a dějin přírodních vědcs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Philosophy and History of Scienceen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csTeoretická a evoluční biologiecs_CZ
uk.degree-program.enTeoretical and evolutionary biologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csV předložené práci jsou představeny články, jejichž spojujícím tématem jsou tzv. lingvistické přístupy v genomice, které umožňují genetické sekvence zkoumat jako "text" obsahující potenciální "slova" (oligonukleotidy, oligopeptidy) délky n. Tento přístup stojí na pomezí kvantitativní a kvalitativní analýzy a, na rozdíl od standardních komparativních metod užívaných v bioinformatice, umožňuje porovnání i fylogeneticky vzdálených jedinců. Stěžejním článkem práce (Zemková et al., 2016.) je analýza peptidických slovníků parazitů a volně žijících organismů, která odhalila signifikantní rozdíly v diverzitě peptidů o délkách 4-6 aminokyselin u těchto porovnávaných skupin. Parazité obecně vykazují redukci pentapeptidů, která je částečně kompenzována zvýšenou diverzitou hexapeptidů. Tento výsledek je v souladu s námi postulovanou hypotézou, že parazité se snaží uniknout před imunitním systémem obratlovčího hostitele založeného na MHC imunitním rozpoznávání. Výsledek rovněž ukazuje, že klíčovou oblastí pro rozpoznání antigenu jsou peptidy o délce 4-5 aminokyselin a do reakce s T-receptorem tedy nevstupuje celý peptidový řetězec vázaný na MHC. V dalších dvou článcích, které vzešly jako produkt spolupráce s Prof. E.N. Trifonovem z university v Haifě, je opět užita analýza slovníku. V prvním článku (Zemková et...cs_CZ
uk.abstract.enIn this work we present articles which are connected by the topic of linguistic-like approaches in genomics, which allow to treat genetic sequences as a "text" containing potential "words" (oligonukleotides, oligopeptides) of length n. Such an approach stands on the border of quantitative and qualitative analysis and, contrary to standard comparative bioinformatics methods, it is possible to compare phylogenetically distant individuals. Central article of my work (Zemková et al., 201..) is an analysis of peptide vocabularies of parasites and free-living organisms which showed significant differences in diversity of 4-6 amino acids long peptides of these compared groups. Parasites generally display reduction of pentapeptides, which is partly compensated by increased diversity of hexapeptides. This result is in accordance with our a priori hypothesis that parasites use immune evasion strategy to escape from MHC-based immunity system of its vertebrate host. Results also suggest that the length of key region for peptide recognition is about 4-5 amino acids and hence only short part of longer peptide bound in MHC participate on reaction with T-receptor. In other two articles which arose as a product of cooperation with Prof Trifonov from the University of Haifa, we again used an analysis of genomic...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra filosofie a dějin přírodních vědcs_CZ
thesis.grade.codeP
dc.identifier.lisID990021038980106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV