Zobrazit minimální záznam

Modelování mechanických vlastností RNA a DNA
dc.contributor.advisorLankaš, Filip
dc.creatorDršata, Tomáš
dc.date.accessioned2019-05-03T15:52:09Z
dc.date.available2019-05-03T15:52:09Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/81628
dc.description.abstractStructural and mechanical properties of nucleic acids play a key role in a wide range of biological processes, as well as in the field of nucleic acid nanotechnology. The thesis presents results of several studies focused on modelling these properties. Extensive unrestrained atomic-resolution molecular dynamics (MD) simulations are used to investigate structural dynamics of nucleic acids, and to parametrize their mechanical models. The deformation energy is assumed to be a general quadratic function of suitably chosen internal coordinates. Two types of models are employed which differ in the level of coarse- graining. The first one is based on the description of conformation at the level of individual bases and the second, coarser one is used to study global bending and twisting flexibility. The models are applied to explain mechanical properties of A-tracts in the context of DNA looping and nucleosome positioning, to characterize twist-stretch cou- pled deformations in DNA and RNA, and to predict changes in the properties of damaged DNA that are likely to be relevant for damage recognition and repair. Besides that, we propose a general model of DNA allostery, applied to study the effect of minor groove binding of small ligands and the allosteric coupling between proteins mediated by the DNA. A careful...en_US
dc.description.abstractStrukturní a mechanické vlastnosti nukleových kyselin hrají klíčovou roli v řadě biologických procesů i v oblasti nanotechnologií. Práce předkládá výsledky několika studií zaměřených na modelování těchto vlastností. Rozsáhlé simulace atomistické molekulové dynamiky (MD) jsou použity ke studiu strukturní dynamiky nukleových kyselin a k parametrizaci modelů jejich mechaniky. Používáme dva modely, které předpokládají deformační energii ve tvaru obecné kvadratické funkce vhodně zvolených vnitřních souřadnic, a liší se v úrovní rozlišení. První model je založen na popisu konformace na úrovni jednotlivých bází, zatímco druhý, hrubší model, je vhodný k popisu tuhosti vůči globálním deformacím v ohybu a celkové torzi. Tyto modely jsou využity ke studiu mechanických vlastností A-traktů v souvislosti s tvorbou smyček a lokalizací nukleosomů, k charakterizaci spřažených deformací v torzi a prodloužení helikální DNA a RNA, a k predikci změn ve vlastnostech poškozené DNA v souvislosti s procesem rozpoznání a oprav tohoto poškození. Kromě toho je představen návrh obecného modelu alosterických efektů v DNA, který je aplikován k predikci změn ve struktuře DNA způsobených vazbou ligandů do malého žlábku a...cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectNucleic acid structure and stiffnesscs_CZ
dc.subjectelastic propertiescs_CZ
dc.subjectcoarse-grained modelscs_CZ
dc.subjectmolecular dynamics simulationscs_CZ
dc.subjectNucleic acid structure and stiffnessen_US
dc.subjectelastic propertiesen_US
dc.subjectcoarse-grained modelsen_US
dc.subjectmolecular dynamics simulationsen_US
dc.titleModelling mechanical properties of RNA and DNAen_US
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-12-08
dc.description.departmentDepartment of Physical and Macromolecular Chemistryen_US
dc.description.departmentKatedra fyzikální a makromol. chemiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId130446
dc.title.translatedModelování mechanických vlastností RNA a DNAcs_CZ
dc.contributor.refereeBanáš, Pavel
dc.contributor.refereeSchneider, Bohdan
dc.identifier.aleph002116734
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programModelování chemických vlastností nano- a biostrukturcs_CZ
thesis.degree.programModeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructuresen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra fyzikální a makromol. chemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Physical and Macromolecular Chemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csModelování chemických vlastností nano- a biostrukturcs_CZ
uk.degree-program.enModeling of Chemical Properties of Nano- and Biostructuresen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.csStrukturní a mechanické vlastnosti nukleových kyselin hrají klíčovou roli v řadě biologických procesů i v oblasti nanotechnologií. Práce předkládá výsledky několika studií zaměřených na modelování těchto vlastností. Rozsáhlé simulace atomistické molekulové dynamiky (MD) jsou použity ke studiu strukturní dynamiky nukleových kyselin a k parametrizaci modelů jejich mechaniky. Používáme dva modely, které předpokládají deformační energii ve tvaru obecné kvadratické funkce vhodně zvolených vnitřních souřadnic, a liší se v úrovní rozlišení. První model je založen na popisu konformace na úrovni jednotlivých bází, zatímco druhý, hrubší model, je vhodný k popisu tuhosti vůči globálním deformacím v ohybu a celkové torzi. Tyto modely jsou využity ke studiu mechanických vlastností A-traktů v souvislosti s tvorbou smyček a lokalizací nukleosomů, k charakterizaci spřažených deformací v torzi a prodloužení helikální DNA a RNA, a k predikci změn ve vlastnostech poškozené DNA v souvislosti s procesem rozpoznání a oprav tohoto poškození. Kromě toho je představen návrh obecného modelu alosterických efektů v DNA, který je aplikován k predikci změn ve struktuře DNA způsobených vazbou ligandů do malého žlábku a...cs_CZ
uk.abstract.enStructural and mechanical properties of nucleic acids play a key role in a wide range of biological processes, as well as in the field of nucleic acid nanotechnology. The thesis presents results of several studies focused on modelling these properties. Extensive unrestrained atomic-resolution molecular dynamics (MD) simulations are used to investigate structural dynamics of nucleic acids, and to parametrize their mechanical models. The deformation energy is assumed to be a general quadratic function of suitably chosen internal coordinates. Two types of models are employed which differ in the level of coarse- graining. The first one is based on the description of conformation at the level of individual bases and the second, coarser one is used to study global bending and twisting flexibility. The models are applied to explain mechanical properties of A-tracts in the context of DNA looping and nucleosome positioning, to characterize twist-stretch cou- pled deformations in DNA and RNA, and to predict changes in the properties of damaged DNA that are likely to be relevant for damage recognition and repair. Besides that, we propose a general model of DNA allostery, applied to study the effect of minor groove binding of small ligands and the allosteric coupling between proteins mediated by the DNA. A careful...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra fyzikální a makromol. chemiecs_CZ
thesis.grade.codeP
dc.identifier.lisID990021167340106986


Soubory tohoto záznamu

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

Tento záznam se objevuje v následujících sbírkách

Zobrazit minimální záznam


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV