Show simple item record

Acid-base equilibria and tautomerism of nucleobases
dc.contributor.advisorDračínská, Helena
dc.creatorKovács, Jakub
dc.date.accessioned2021-03-24T09:54:21Z
dc.date.available2021-03-24T09:54:21Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/80290
dc.description.abstractNukleové kyseliny a jejich složky patří mezi nejdůležitější molekuly pro život. Přesunem vodíkového atomu po skeletu pyrimidinových a purinových bází nukleových kyselin vznikají různé tautomerní formy těchto bází. V závislosti na pH prostředí mohou být navíc báze nukleových kyselin protonovány nebo deprotonovány. Protonace/deprotonace bází nukleových kyselin se účastní poměrně velkého množství biochemických dějů. Jedná se hlavně o procesy spojené s regulací, replikací či genovou expresí, ve kterých hrají ionizované báze důležitou úlohu ve stabilizaci sekundárních struktur nukleových kyselin, či v acidobazické katalýze autolytických reakcí jejich fosfodiesterové kostry. Sekundární struktury stabilizované ionizovanými bázemi jsou navíc spojené s různými genetickými chorobami. Protonace a deprotonace jsou však velmi rychlé a dynamické procesy, které je velmi náročné experimentálně detekovat. Tato práce se proto zabývá vypracováním spolehlivé metodiky, pomocí které by bylo možné poměrně rychle zjistit, na kterém atomu dusíku pyrimidinových bází dochází k protonaci. V experimentech byla využita NMR spektroskopie, pomocí které byly nejprve zkoumány pyrymidinové báze, u kterých je místo protonace jednoznačně určeno strukturou. Byly získány experimentální NMR parametry pro neutrální i ionizované formy. NMR...cs_CZ
dc.description.abstractNucleic acids and their components belong to the most important molecules essential for life. Hydrogen atom migration across the skeleton of purine or pyrimidine bases of nucleic acids gives rise to their various tautomeric forms. Furthermore, depending on pH of the medium, these bases might become protonated or deprotonated. Protonation/deprotonation of nucleic acid bases is involved in many biochemical processes. These include mainly regulation of replication and gene expression by means of specific secondary structure stabilization or acid- base catalysis of phosphodiester backbone cleavage. Additionally, secondary structures that include ionized bases are also associated with various genetic diseases. However, protonation and deprotonation are very fast dynamic processes and their experimental detection is difficult. Therefore, this work focuses on development of reliable method for relatively fast detection of pyrimidine base derivates primary protonation site. At first, pyrimidine bases with protonation site determined by structure were analyzed in both neutral and ionized state using NMR spectroscopy. In the next step, NMR parameters for both neutral and ionized forms were calculated using quantum-chemical computational methods. Computational method was optimized to produce results which...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectpyrimidineen_US
dc.subjectnucleic acid baseen_US
dc.subjectNMR spectroscopyen_US
dc.subjectionizationen_US
dc.subjectDFT computationsen_US
dc.subjectpyrimidincs_CZ
dc.subjectbáze nukleových kyselincs_CZ
dc.subjectNMR spektroskopiecs_CZ
dc.subjectionizacecs_CZ
dc.subjectDFT výpočtycs_CZ
dc.titleAcidobazické a tautomerní rovnováhy bází nukleových kyselincs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-06-13
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId171046
dc.title.translatedAcid-base equilibria and tautomerism of nucleobasesen_US
dc.contributor.refereePetrželová, Simona
dc.identifier.aleph002092732
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csNukleové kyseliny a jejich složky patří mezi nejdůležitější molekuly pro život. Přesunem vodíkového atomu po skeletu pyrimidinových a purinových bází nukleových kyselin vznikají různé tautomerní formy těchto bází. V závislosti na pH prostředí mohou být navíc báze nukleových kyselin protonovány nebo deprotonovány. Protonace/deprotonace bází nukleových kyselin se účastní poměrně velkého množství biochemických dějů. Jedná se hlavně o procesy spojené s regulací, replikací či genovou expresí, ve kterých hrají ionizované báze důležitou úlohu ve stabilizaci sekundárních struktur nukleových kyselin, či v acidobazické katalýze autolytických reakcí jejich fosfodiesterové kostry. Sekundární struktury stabilizované ionizovanými bázemi jsou navíc spojené s různými genetickými chorobami. Protonace a deprotonace jsou však velmi rychlé a dynamické procesy, které je velmi náročné experimentálně detekovat. Tato práce se proto zabývá vypracováním spolehlivé metodiky, pomocí které by bylo možné poměrně rychle zjistit, na kterém atomu dusíku pyrimidinových bází dochází k protonaci. V experimentech byla využita NMR spektroskopie, pomocí které byly nejprve zkoumány pyrymidinové báze, u kterých je místo protonace jednoznačně určeno strukturou. Byly získány experimentální NMR parametry pro neutrální i ionizované formy. NMR...cs_CZ
uk.abstract.enNucleic acids and their components belong to the most important molecules essential for life. Hydrogen atom migration across the skeleton of purine or pyrimidine bases of nucleic acids gives rise to their various tautomeric forms. Furthermore, depending on pH of the medium, these bases might become protonated or deprotonated. Protonation/deprotonation of nucleic acid bases is involved in many biochemical processes. These include mainly regulation of replication and gene expression by means of specific secondary structure stabilization or acid- base catalysis of phosphodiester backbone cleavage. Additionally, secondary structures that include ionized bases are also associated with various genetic diseases. However, protonation and deprotonation are very fast dynamic processes and their experimental detection is difficult. Therefore, this work focuses on development of reliable method for relatively fast detection of pyrimidine base derivates primary protonation site. At first, pyrimidine bases with protonation site determined by structure were analyzed in both neutral and ionized state using NMR spectroscopy. In the next step, NMR parameters for both neutral and ionized forms were calculated using quantum-chemical computational methods. Computational method was optimized to produce results which...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantDračínský, Martin
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV