Show simple item record

In situ studium interakcí nukleových kyselin významných z hlediska genové exprese a terapie založené na jejím potlačení
dc.creatorŠpringer, Tomáš
dc.date.accessioned2021-05-24T10:39:47Z
dc.date.available2021-05-24T10:39:47Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/80162
dc.description.abstractV dizertační práci studujeme nová analoga odvozená od R06 aptameru cílící na TAR vlásenku HIV viru s použitím citlivého biosensoru s povrchovými plasmony, který umožňuje sledování molekulárních interakcí v reálném čase. Vyšetřujeme sedm různých modifikací, které jsou umístěné na devíti pozicích R06 aptameru, a odhalujeme jejich použitelnost při tvorbě účinných a stálých anti-TAR oligonukleotidů. Dále zjišťujeme, které pozice jsou vhodné pro nahrazení modifikací, a zároveň interpretujeme výsledky v kontextu lokální nukleotidové geometrie a interakcí v TAR/anti-TAR komplexu. V dizertační práci dále vyvíjíme nový fluidický systém, který eliminuje disperzi vzorku a míšení vzorků, a tak umožňuje přesné sledování molekulárních interakcí na povrchu SPR čipu. Pro charakterizaci podmínek měření na povrchu oligonukleotidového čipu studujeme stínící efekt jednomocných a dvoumocných kationtů, které jsou klíčové pro interakci záporně nabitých oligonukleotidů.cs_CZ
dc.description.abstractIn this doctoral thesis we study novel analogues based on R06 aptamers and targeting TAR hairpins of the HIV virus by means of surface plasmon resonance biosensor, which allows for sensitive and real-time monitoring of molecular interactions. We investigate seven different modifications placed at nine different positions on the R06 aptamer in order to find out their applicability in the construction of efficient and stable anti-TAR oligonucleotides. We also determine which positions are suitable for substitutions with a modification and interpret the results in the context of the local nucleotide geometries and interactions in the TAR/anti-TAR complex. In this doctoral thesis we further develop a new fluidic system. This fluidic system eliminates sample dispersion and intermixing effects and thus enables accurate monitoring of molecular interactions on the surface of an SPR chip. We also characterize experimental conditions on the surface of an oligonucleotide chip and their relations towards bio-molecular assays. Specifically, we study the shielding effect of monovalent and divalent cations, which are crucial for the interaction of negatively charged oligonucleotides.en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.subjectTAR hairpinen_US
dc.subjectR06 aptameren_US
dc.subjectmodificationen_US
dc.subjectDNAen_US
dc.subjectRNA chipen_US
dc.subjectSPR biosensoren_US
dc.subjectdispersionless microfluidicsen_US
dc.subjectTAR vlásenkacs_CZ
dc.subjectR06 aptamercs_CZ
dc.subjectmodifikacecs_CZ
dc.subjectDNAcs_CZ
dc.subjectRNA čipcs_CZ
dc.subjectbiosensor s povrchovými plasmonycs_CZ
dc.subjectmikrofluidikacs_CZ
dc.titleIn situ study of nuclear acids interactions key for gene expression and therapy based on its silencingen_US
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-10-12
dc.description.departmentKatedra makromolekulární fyzikycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Macromolecular Physicsen_US
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId168711
dc.title.translatedIn situ studium interakcí nukleových kyselin významných z hlediska genové exprese a terapie založené na jejím potlačenícs_CZ
dc.identifier.aleph002038758
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and chemical physicsen_US
thesis.degree.programPhysicsen_US
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra makromolekulární fyzikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Macromolecular Physicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and chemical physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csUznánocs_CZ
thesis.grade.enRecognizeden_US
uk.abstract.csV dizertační práci studujeme nová analoga odvozená od R06 aptameru cílící na TAR vlásenku HIV viru s použitím citlivého biosensoru s povrchovými plasmony, který umožňuje sledování molekulárních interakcí v reálném čase. Vyšetřujeme sedm různých modifikací, které jsou umístěné na devíti pozicích R06 aptameru, a odhalujeme jejich použitelnost při tvorbě účinných a stálých anti-TAR oligonukleotidů. Dále zjišťujeme, které pozice jsou vhodné pro nahrazení modifikací, a zároveň interpretujeme výsledky v kontextu lokální nukleotidové geometrie a interakcí v TAR/anti-TAR komplexu. V dizertační práci dále vyvíjíme nový fluidický systém, který eliminuje disperzi vzorku a míšení vzorků, a tak umožňuje přesné sledování molekulárních interakcí na povrchu SPR čipu. Pro charakterizaci podmínek měření na povrchu oligonukleotidového čipu studujeme stínící efekt jednomocných a dvoumocných kationtů, které jsou klíčové pro interakci záporně nabitých oligonukleotidů.cs_CZ
uk.abstract.enIn this doctoral thesis we study novel analogues based on R06 aptamers and targeting TAR hairpins of the HIV virus by means of surface plasmon resonance biosensor, which allows for sensitive and real-time monitoring of molecular interactions. We investigate seven different modifications placed at nine different positions on the R06 aptamer in order to find out their applicability in the construction of efficient and stable anti-TAR oligonucleotides. We also determine which positions are suitable for substitutions with a modification and interpret the results in the context of the local nucleotide geometries and interactions in the TAR/anti-TAR complex. In this doctoral thesis we further develop a new fluidic system. This fluidic system eliminates sample dispersion and intermixing effects and thus enables accurate monitoring of molecular interactions on the surface of an SPR chip. We also characterize experimental conditions on the surface of an oligonucleotide chip and their relations towards bio-molecular assays. Specifically, we study the shielding effect of monovalent and divalent cations, which are crucial for the interaction of negatively charged oligonucleotides.en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra makromolekulární fyzikycs_CZ
thesis.grade.codeU
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusU


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV