dc.contributor.advisor | Mareš, Michael | |
dc.creator | Polatová, Daniela | |
dc.date.accessioned | 2021-03-25T19:11:56Z | |
dc.date.available | 2021-03-25T19:11:56Z | |
dc.date.issued | 2017 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/79280 | |
dc.description.abstract | Equistatin ze sasanky koňské (Actinia equina) obsahuje proteinovou doménu Eqd2, která inhibuje aspartátové peptidasy, ale dosud nebyla detailně charakterizována. Rekombinantní Eqd2 byl připraven v kvasinkovém expresním systému a byl navržen protokol pro jeho chromatografickou purifikaci. Pomocí fluorescenčního inhibičního testu byla určena inhibiční specifita Eqd2, která ukázala, že je vysoce selektivním inhibitorem peptidas typu katepsinu D a pepsinu z rodiny aspartátových peptidas A1. Dále byla pomocí gelové chromatografie analyzována tvorba komplexu Eqd2-peptidasa a oligomerizace Eqd2 v roztoku. Za účelem budoucí rentgenostrukturní analýzy Eqd2 byla provedena primární analýza krystalizačních podmínek. Tato práce přináší nové významné informace o Eqd2 jako unikátním typu přirozených inhibitorů aspartátových peptidas. Lze předpokládat, že určení interakčního mechanismu Eqd2 umožní navrhovat jeho syntetická mimetika pro regulaci medicinálně významných peptidas. Klíčová slova: peptidasové inhibitory, proteolytické enzymy, aktivita a inhibice enzymů, rekombinantní exprese, purifikace proteinů, krystalizace proteinů, equistatin | cs_CZ |
dc.description.abstract | Equistatin from the sea anemone Actinia equina contains a protein domain Eqd2 which inhibits aspartic peptidases and has not been characterized in detail. Recombinant Eqd2 was produced in the yeast expression system, and a protocol for its chromatographic purification was designed. The inhibitory specificity of Eqd2 was determined using a fluorescence inhibition assay, showing that Eqd2 is a highly selective inhibitor of cathepsin D-like and pepsin-like aspartic peptidases of family A1. Furthermore, size exclusion chromatography was used to analyze the Eqd2-peptidase complex and Eqd2 oligomerization in solution. Initial screening of crystallization conditions for Eqd2 was performed towards its structural analysis. This work provides important new information about Eqd2 as a unique type of natural inhibitors of aspartic peptidases. Its interaction mechanism can be exploited in the development of synthetic mimetics for regulation of medically important peptidases. (In Czech) Key words: peptidase inhibitors, proteolytic enzymes, activity and inhibition of enzymes, recombinant expression, protein purification, protein crystallization, equistatin | en_US |
dc.language | Čeština | cs_CZ |
dc.language.iso | cs_CZ | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | peptidase inhibitors | en_US |
dc.subject | proteolytic enzymes | en_US |
dc.subject | activity and inhibition of enzymes | en_US |
dc.subject | recombinant expression | en_US |
dc.subject | protein purification | en_US |
dc.subject | protein crystallization | en_US |
dc.subject | equistatin | en_US |
dc.subject | peptidasové inhibitory | cs_CZ |
dc.subject | proteolytické enzymy | cs_CZ |
dc.subject | aktivita a inhibice enzymů | cs_CZ |
dc.subject | rekombinantní exprese | cs_CZ |
dc.subject | purifikace proteinů | cs_CZ |
dc.subject | krystalizace proteinů | cs_CZ |
dc.subject | equistatin | cs_CZ |
dc.title | Příprava a biochemická charakterizace proteasového inhibitoru equistatinu | cs_CZ |
dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2017 | |
dcterms.dateAccepted | 2017-05-22 | |
dc.description.department | Katedra biochemie | cs_CZ |
dc.description.department | Department of Biochemistry | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.identifier.repId | 169273 | |
dc.title.translated | Preparation and biochemical characterization of protease inhibitor equistatin | en_US |
dc.contributor.referee | Bořek Dohalská, Lucie | |
dc.identifier.aleph | 002138613 | |
thesis.degree.name | Mgr. | |
thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Biochemistry | en_US |
thesis.degree.discipline | Biochemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Biochemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Biochemistry | en_US |
uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra biochemie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Biochemistry | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Biochemie | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Biochemistry | en_US |
uk.degree-program.cs | Biochemie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Biochemistry | en_US |
thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
thesis.grade.en | Excellent | en_US |
uk.abstract.cs | Equistatin ze sasanky koňské (Actinia equina) obsahuje proteinovou doménu Eqd2, která inhibuje aspartátové peptidasy, ale dosud nebyla detailně charakterizována. Rekombinantní Eqd2 byl připraven v kvasinkovém expresním systému a byl navržen protokol pro jeho chromatografickou purifikaci. Pomocí fluorescenčního inhibičního testu byla určena inhibiční specifita Eqd2, která ukázala, že je vysoce selektivním inhibitorem peptidas typu katepsinu D a pepsinu z rodiny aspartátových peptidas A1. Dále byla pomocí gelové chromatografie analyzována tvorba komplexu Eqd2-peptidasa a oligomerizace Eqd2 v roztoku. Za účelem budoucí rentgenostrukturní analýzy Eqd2 byla provedena primární analýza krystalizačních podmínek. Tato práce přináší nové významné informace o Eqd2 jako unikátním typu přirozených inhibitorů aspartátových peptidas. Lze předpokládat, že určení interakčního mechanismu Eqd2 umožní navrhovat jeho syntetická mimetika pro regulaci medicinálně významných peptidas. Klíčová slova: peptidasové inhibitory, proteolytické enzymy, aktivita a inhibice enzymů, rekombinantní exprese, purifikace proteinů, krystalizace proteinů, equistatin | cs_CZ |
uk.abstract.en | Equistatin from the sea anemone Actinia equina contains a protein domain Eqd2 which inhibits aspartic peptidases and has not been characterized in detail. Recombinant Eqd2 was produced in the yeast expression system, and a protocol for its chromatographic purification was designed. The inhibitory specificity of Eqd2 was determined using a fluorescence inhibition assay, showing that Eqd2 is a highly selective inhibitor of cathepsin D-like and pepsin-like aspartic peptidases of family A1. Furthermore, size exclusion chromatography was used to analyze the Eqd2-peptidase complex and Eqd2 oligomerization in solution. Initial screening of crystallization conditions for Eqd2 was performed towards its structural analysis. This work provides important new information about Eqd2 as a unique type of natural inhibitors of aspartic peptidases. Its interaction mechanism can be exploited in the development of synthetic mimetics for regulation of medically important peptidases. (In Czech) Key words: peptidase inhibitors, proteolytic enzymes, activity and inhibition of enzymes, recombinant expression, protein purification, protein crystallization, equistatin | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemie | cs_CZ |
thesis.grade.code | 1 | |
dc.contributor.consultant | Konvalinka, Jan | |
uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
uk.thesis.defenceStatus | O | |
dc.identifier.lisID | 990021386130106986 | |